The Department of Bioinformatics has a pioneering education and research program in its field. In our program, postgraduate education is given at the master's and doctorate level and interdisciplinary researches are carried out. Our program provides its students with the competence to find solutions for accessing, processing and interpreting big biological data, the production of which is increasing day by day.
We have a server for advanced computational analysis. The features of the server are as follows:
• 1 Lenovo SR650 Xeon Silver 4210 (10C 2.2GHz 13.75MB Cache/85W)
• 3 240GB SSD
• 64GB (2x16GB, 2Rx8 RDIMM) RAM
• 930-8i, 2x750W, XCC Enterprise, Tooless Rails
• 1 Synology RS1219
• Prof. Dr. Erdem Karabulut
• Prof. Dr. Ergun Karaağaoğlu
• Prof. Dr. Nurten Akarsu
• Prof. Dr. Hayat Erdem
• Prof. Dr. Melih Babaoğlu
• Prof. Dr. Yeşim Er Öztaş
• Doç. Dr. Tunca Doğan
• Doç. Dr. Ceren SUCULARLI
• Dr. Öğr. Üyesi İdil YET
• Öğr. Gör. Dr. Gülşah Merve KILINÇ
• Arş. Gör. Can KOŞUKCU
• Yüksek Lisans Öğrencisi: Sıdıka Öztop
• Yüksek Lisans Öğrencisi: Baran Aldemir
• Yüksek Lisans Öğrencisi: Muntadher Zahid Jihad
• Yüksek Lisans Öğrencisi: İsmihan Alp
• Yüksek Lisans Öğrencisi: Hazal Çopur
• Yüksek Lisans Öğrencisi: Ayşenur Çoruh
• Yüksek Lisans Öğrencisi: Umut Onur Özcan
• Yüksek Lisans Öğrencisi: İdil Taç
• Yüksek Lisans Öğrencisi: Hande Melisa Acun
• Yüksek Lisans Öğrencisi: Erva Ersoy
• Yüksek Lisans Öğrencisi: Ecem Kuscuoglu
• Yüksek Lisans Öğrencisi: Atabey Unlu
• Doktora Öğrencisi: Neslihan Ayhan
• Doktora Öğrencisi: Elif Candas
• TÜBİTAK 3501 - Proje Başlığı: Obezite ve Tip 2 Diyabet ile ilişkili genetik yapının Anadolu’da son 10.000 yıl içindeki değişim dinamiklerinin antik DNA ve popülasyon genetiği yaklaşımları ile incelenmesi.
Proje Yöneticisi: Gülşah Merve Kılınç.
• Proje Başlığı : Herediter Anjioödem Tip III Tanılı Hastalarda Yeni Aday Genlerin Belirlenmesi
Araştırmacı: Arş. Gör. Can KOŞUKCU
Proje Kodu: TSA-2017-15260
Proje Türü: Kapsamlı Araştırma
BaşlangıçTarihi: 29.11.2017
Bitiş Tarihi: 29.05.2021
Görevi: Araştırmacı
Durumu: Yürüyen
Süresi: 36 ay
• Proje Başlığı : İkiz Otistik Olgularda Genetik Farklılıklar
Araştırmacı: Arş. Gör. Can KOŞUKCU
Proje Kodu: TSA-2018-16927
Proje Türü: Kapsamlı Araştırma
Başlangıç Tarihi: 31.05.2018
Bitiş Tarihi: 31.05.2021
Görevi: Araştırmacı
Durumu: Yürüyen Süresi: 30 ay
• Proje Başlığı : Bayes ağlarını kullanarak karaciğer kanserinin tekil hücresinin omikler arasındaki ilişkisinin belirlenmesi
Araştırmacı: Dr. Öğr. Üyesi İdil YET
L’Oréal Türkiye’nin UNESCO – Bilim kadınları için ödülü
Proje suresi: 2020-2021
• Proje Başlığı: Neonatal Kolestatik Hastalıkların Moleküler Genetik Analizi
Proje Yöneticisi: Doç. Dr. ZUHAL AKÇÖREN
Araştırmacı: Dr. Öğr. Üyesi İdil YET
Proje No: 15482
Proje Türü: Kapsamlı Araştırma Projesi
Proje Grubu: Tıp Sağlık
Proje No: TSA-2017-15482
Proje Türü: Kapsamlı Araştırma
Başlama Tarihi: 08.08.2017
Muhtemel Bitiş Tarihi: 08.08.2019
• Proje Başlığı: Pediatrik Rabdomiyosarkom Alt Tiplerinde Moleküler Patolojik Belirteçlerin Analizi
Proje Yöneticisi: Prof. Dr. DİCLEHAN ORHAN
Araştırmacı: Dr. Öğr. Üyesi İdil YET
Proje No: 15478
Proje Türü: Kapsamlı Araştırma Projesi
Proje Grubu: Tıp Sağlık
Proje No: TSA-2017-15478
Proje Türü: Kapsamlı Araştırma
Başlama Tarihi: 23.08.2017
Muhtemel Bitiş Tarihi: 23.08.2019
• Proje Başlığı: Tüp bebek uygulamalarında tekrarlayan implantasyon başarısızlığı olan kadınların endometrial mikrobiyotasının ve histolojik gününün implantasyon başarısızlığı olmayan kadınlar ile karşılaştırılması
Proje Yöneticisi: Doç.Dr. GÜRKAN BOZDAĞ
Araştırmacı: Dr. Öğr. Üyesi İdil YET
Proje No: 16987
Proje Türü: Kapsamlı Araştırma Projesi
Proje Grubu: Tıp Sağlık
Proje No: TSA-2018-16987
Başlama Tarihi: 05.10.2018
Muhtemel Bitiş Tarihi: 06.04.2020
• Proje Başlığı: Romatizmal hastalıklarda mikrobiatanın, proteomik ve metabolomik analiz sonuçlarının hastalık patogenez ve seyrindeki etkilerinin incelenmesi. Kısım 2:Henoch Schönlein Purpura/IgA vaskülitinde proteomik inceleme
Proje Yöneticisi: Prof.Dr. Seza Özen
Araştırmacı: Dr. Öğr. Üyesi İdil YET
Proje No: 17525
Proje Türü: Kapsamlı Araştırma Projesi
Proje Grubu: Tıp Sağlık
Proje Kodu: TSA-2019-17525
Başvuru Tarihi: 28.09.2018
Süresi (Ay): 18
Başlangıç Tarihi: 31.01.2019
Muhtemel Bitiş Tarihi: 31.07.2020
• Proje Başlığı: Glioblastoma multiforme, menenjiyom (birincil) ve metastaz (ikincil) beyin tümörlerine ait fenotiplerin belirlenmesinde kullanılacak bütünleşik omiks analizler için analitik yöntem geliştirilmesi ve uygulanması
Proje Yöneticisi: Prof.Dr. NURSABAH ELİF BAŞCI AKDUMAN
Araştırmacı: Dr. Öğr. Üyesi İdil YET
Proje No: 18566
Proje Türü: Kapsamlı Araştırma Projesi
Proje Grubu: Tıp Sağlık
Proje Kodu: TSA-2020-18566
Başvuru Tarihi: 30.12.2019
Süresi (Ay): 18
Başlangıç Tarihi: 19.10.2020
Muhtemel Bitiş Tarihi: 19.10.2022
• Proje Başlığı: Tuz ön uygulaması ile bor toleransı kazandırılmış Arabidopsis thaliana bitkisinde transkriptomik ve proteomik cevabın elde edilmesi
Proje Yöneticisi: Prof.Dr. YASEMİN EKMEKÇİ
Araştırmacı: Dr. Öğr. Üyesi İdil YET
Proje No: 18859
Proje Türü: Kapsamlı Araştırma Projesi
Proje Grubu: Fen ve Mühendislik
Proje Kodu: FBA-2020-18859
Başvuru Tarihi: 02.07.2020
Süresi (Ay): 18
Başlangıç Tarihi: 16.11.2020
Muhtemel Bitiş Tarihi: 16.11.2022
• TÜBİTAK “Antik DNA eldesi ve genom dizilemesi yoluyla Anadolu insan popülasyonlarının karakterizasyonu“ başlıklı projede (Proje No: 114Z927), Doktora sonrası araştırmacı, 2015-2017,
Araştırmacı: Öğr. Gör. Dr. Gülşah Merve KILINÇ
• ATLAS Projesi (//theatlas.se), Araştırmacı, 2016-2020
Araştırmacı: Öğr. Gör. Dr. Gülşah Merve KILINÇ
• TÜBİTAK 1001 – Tekil hücre genom analizi yoluyla sağlıklı ve hasta bireylerin beyinlerinin incelenmesi (2018)
Proje Yürütücüsü: Doç. Dr. Mehmet Somel
Araştırmacı: Dr. İdil YET
Arş. Gör. Can KOŞUKCU
• Kındış E, Simsek-Kiper PÖ, Koşukcu C, Taşkıran EZ, Göçmen R, Utine E, Haliloğlu G, Boduroğlu K, Alikaşifoğlu M. Further expanding the mutational spectrum of brain abnormalities, neurodegeneration, and dysosteosclerosis: A rare disorder with neurologic regression and skeletal features. Am J Med Genet A. 2021 Mar 22. doi: 10.1002/ajmg.a.62179. Online ahead of print. (PMID: 33749994)
• Taşkıran EZ, Karaosmanoğlu B, Koşukcu C, Ürel-Demir G, Akgün-Doğan Ö, Şimşek-Kiper PÖ, Alikaşifoğlu M, Boduroğlu K, Utine GE. Diagnostic yield of whole-exome sequencing in non-syndromic intellectual disability. J Intellect Disabil Res. 2021 Mar 19. doi: 10.1111/jir.12835. Online ahead of print. (PMID: 33739554)
• Vuralli D, Kosukcu C, Taskiran E, Simsek-Kiper PO, Utine GE, Boduroglu K, Alikasifoglu A, Alikasifoglu M. Hyperinsulinemic Hypoglycemia in a Patient with Costello Syndrome: An Etiology to Consider in Hypoglycemia. Mol Syndromol. 2020 Nov;11(4):207-216. (PMID: 33224014)
• Kosukcu C, Taskiran EZ, Batu ED, Sag E, Bilginer Y, Alikasifoglu M, Ozen S. Whole exome sequencing in unclassified autoinflammatory diseases: more monogenic diseases in the pipeline? Rheumatology (Oxford). 2020 May 23:keaa165. (PMID: 32447396)
• Ozbek B, Tan C, Yaz I, Kosukcu C, Esenboga S, Cetinkaya PG, Cagdas D, Tezcan I. Frequency of HLA Class I and Class II Alleles in Patients with CVID from Turkey. Immunol Invest. 2020 May 5:1-9. (PMID: 32370566)
• Kılıç M, Ergüner B, Koşukcu C, Özgül RK. Detection of allele frequencies of common c. 511C>T and c.625G>A variants in the ACADS gene in the Turkish population. Turk J Pediatr. 2020;62(1):19-23. (PMID: 32253862)
• Yaz I, Ozbek B, Ng YY, Cetinkaya PG, Halacli SO, Tan C, Kasikci M, Kosukcu C, Tezcan I, Cagdas D. Lymphocyte Subgroups and KREC Numbers in Common Variable Immunodeficiency: A Single Center Study. J Clin Immunol. 2020 Apr;40(3):494-502. (PMID: 32056073)
• Emiralioğlu N, Taşkıran EZ, Koşukcu C, Bilgiç E, Atilla P, Kaya B, Günaydın Ö, Yüzbaşıoğlu A, Tuğcu GD, Ademhan D, Eryılmaz Polat S, Gharibzadeh Hızal M, Yalçın E, Doğru D, Kiper N, Alikaşifoğlu M, Özçelik U. Genotype and phenotype evaluation of patients with primary ciliary dyskinesia: First results from Turkey. Pediatr Pulmonol. 2020 Feb;55(2):383-393. (PMID: 31765523)
• Guleray N, Kosukcu C, Taskiran ZE, Simsek Kiper PO, Utine GE, Gucer S, Tokatli A, Boduroglu K, Alikasifoglu M. Atypical Presentation of Sengers Syndrome: A Novel Mutation Revealed with Postmortem Genetic Testing. Fetal Pediatr Pathol. 2020 Apr;39(2):163-171. (PMID: 31303091)
• Simsek-Kiper PO, Taskiran EZ, Kosukcu C, Arslan U, Cormier-Daire V, Gonc N, Ozon A, Alikasifoglu A, Kandemir N, Utine GE, Alanay Y, Alikasifoglu M, Boduroglu K. Further Expanding the Mutational Spectrum and Investigation of Genotype-Phenotype Correlation in 3M Syndrome. Am J Med Genet A. 2019 Jul; 179(7):1157-1172. (PMID: 30980518)
• Akgün Doğan Ö, Demir GÜ, Kosukcu C, Taskiran EZ, Simsek-Kiper PÖ, Utine GE, Alikaşifoğlu M, Boduroğlu K. Hyperphosphatasia with mental retardation syndrome type 4 In two siblings-expanding the phenotypic and mutational spectrum. Eur J Med Genet. 2019 Jun; 62(6):103535. (PMID: 30217754)
• Taskiran EZ, Sonmez HE, Kosukcu C, Tavukcuoglu E, Yazici G, Esendagli G, Batu ED, Kiper POS, Bilginer Y, Alikasifoglu M, Ozen S. A Novel Missense LIG4 Mutation in a Patient With a Phenotype Mimicking Behçet's Disease. J Clin Immunol. 2019 Jan; 39(1):99-105. (PMID: 30617623)
• Simsek-Kiper PO, Taskiran EZ, Kosukcu C, Urel-Demir G, Akgun-Dogan O, Yilmaz G, Utine GE, Nishimura G, Boduroglu K, Alikasifoglu M. Further delineation of spondyloepimetaphyseal dysplasia Faden-Alkuraya type: A RSPRY1-associated spondylo-epi-metaphyseal dysplasia with cono-brachydactyly and craniosynostosis. Am J Med Genet A. 2018 Sep; 176(9):2009-2016. (PMID: 30063090)
• Batu ED, Koşukcu C, Taşkıran E, Sahin S, Akman S, Sözeri B, Ünsal E, Bilginer Y, Kasapcopur O, Alikaşifoğlu M, Ozen S. Whole Exome Sequencing in Early-onset Systemic Lupus Erythematosus. J Rheumatol. 2018 Dec; 45(12):1671-1679. (PMID: 30008451)
• Simsek-Kiper PO, Kosukcu C, Akgun-Dogan O, Gocmen R, Utine GE, Soyer T, Korkmaz-Toygar A, Nishimura G, Alikasifoglu M, Boduroglu K. A novel NKX3-2 mutation associated with perinatal lethal phenotype of spondylo-megaepiphyseal-metaphyseal dysplasia in a neonate. Eur J Med Genet. 2019 Jan; 62(1):21-26. (PMID: 29704686)
• Taşkıran EZ, Sönmez HE, Ayvaz DÇ, Koşukcu C, Batu ED, Esenboğa S, Topaloğlu R, Orhan D, Bilginer Y, Alikaşifoğlu M, Özen S, Tezcan İ. Hypomorphic RAG1 defect in a child presented with pulmonary hemorrhage and digital necrosis. Clin Immunol. 2018 Feb; 187:92-94. (PMID: 29107076)
• Taskiran EZ, Karaosmanoglu B, Koşukcu C, Doğan ÖA, Taylan-Şekeroğlu H, Şimşek-Kiper PÖ, Utine EG, Boduroğlu K, Alikaşifoğlu M. Homozygous indel mutation in CDH11 as the probable cause of Elsahy-Waters syndrome. Am J Med Genet A. 2017 Dec; 173(12):3143-3152 (PMID: 28988429)
• Ardicli D, Taskiran EZ, Kosukcu C, Temucin C, Oguz KK, Haliloglu G, Alikasifoglu M, Topaloglu H. Neonatal-Onset Recurrent Guillain-Barré Syndrome-Like Disease: Clues for Inherited CD59 Deficiency. Neuropediatrics. 2017 Dec; 48(6):477-481 (PMID: 28800659)
• Utine GE, Taşkıran EZ, Koşukcu C, Karaosmanoğlu B, Güleray N, Doğan ÖA, Kiper PÖ, Boduroğlu K, Alikaşifoğlu M. HERC1 mutations in idiopathic intellectual disability. Eur J Med Genet. 2017 May; 60(5):279-283. (PMID: 28323226)
Öğr. Gör. Dr. Gülşah Merve KILINÇ
• Yaka R., Mapelli I., Kaptan D., Doğu A., Chyleński M., Erdal Ö. D. , Koptekin D., Vural K. B. , Bayliss A., Mazzucato C., Fer E., Çokoğlu S. S. , Lagerholm V. K. , Krzewińska M., Karamurat C., Gemici H. C. , Sevkar A., Dağtaş N. D. , Kılınç G. M. , Adams D., Munters A. R. , Sağlıcan E., Milella M., Schotsmans E. M. J. , Yurtman E., Çetin M., Yorulmaz S., Altınışık N. E. , Ghalichi A., Juras A., Bilgin C. C. , Günther T., Storå J., Jakobsson M., de Kleijn M., Mustafaoğlu G., Fairbairn A., Pearson J., Togan İ., Kayacan N., Marciniak A., Larsen C. S. , Hodder I., Atakuman Ç., Pilloud M., Sürer E., Gerritsen F., Özbal R., Baird D., Erdal Y. S. , Duru G., Özbaşaran M., Haddow S. D. , Knüsel C. J. , Götherström A., Özer F., Somel M., “Variable kinship patterns in Neolithic Anatolia revealed by ancient genomes”, Current Biology, 2021, doi: 10.1016/j.cub.2021.03.050
• Kılınç GM, Kashuba N, Koptekin D, Bergfeldt N, Dönertaş HM, Rodríguez-Varela R, Shergin D, Ivanov G, Kichigin D, Pestereva K, Volkov D, Mandryka P, Kharinskii A, Tishkin A, Ineshin E, Kovychev E, Stepanov A, Dalén L, Günther T, Kırdök E, Jakobsson M, Somel M, Krzewińska M, Storå J, Götherström A, “Human population dynamics and Yersinia pestis in ancient northeast Asia”, Science Advances, 2021. doi: https://doi.org/10.1126/sciadv.abc4587
• Yaka R., Doğu A., Kaptan D., Dağtaş N. D. , Chyleński M., Vural K. B. , Altınışık N. E. , Mapelli I., Koptekin D., Karamurat C., Gemici H. C. , Yorulmaz S., Lagerholm V. K. , Fer E., Işıldak U., Ghalichi A., Kılınç G. M. , Mazzucato C., Juras A., Marciniak A., Larsen C. S. , Pilloud M., Haddow S. D. , Knüsel C. J. , Togan İ., Götherström A., Erdal Y. S. , Sürer E. , Özer F., Atakuman Ç. , Somel M, "Ancient genomics in Neolithic Central Anatolia and Çatalhöyük." In Peopling the Landscape of Çatalhöyük , 395-405. Ankara: The British Institute of Archaeology at Ankara , 2021
• Yurtman E, Özer O, Yüncü E, Dağtaş ND, Koptekin D, Çakan YG, Özkan M, Akbaba A, Kaptan D, Atağ G, Vural KB, Gündem CY, Martin L, Kılınç GM, Ghalichi A, Açan SC, Yaka R, Sağlıcan E, Lagerholm VK, Krzewinska M, Pişkin E, Şevketoğlu M, Bilgin C, Atakuman Ç, Erdal YS, Sürer E, Lenstra J, Yorulmaz S, Abazari F, Hoseinzadeh J, Baird D, Bıçakçı E, Çevik O, Gerritsen F, Özbal R, Götherström A, Somel M, Togan I, Özer F, “Archaeogenetic analysis of Neolithic sheep from Anatolia suggests a complex demographic history since domestication”, BioRxiv, 2020, https://doi.org/10.1101/2020.04.17.033415
• Kilinc GM, Kashuba N, Koptekin D, Bergfeldt N, Donertas M, Rodriguez-Varela R, Shergin D, Ivanov GL, Kichigin D, Pestereva K, Volkov D, Mandryka P, Kharinskii A, Tishkin A, Ineshin E, Kovychev E, Stepanov A, Alekseev A, Fedoseeva SA, Dalén L, Günther T, Kirdok E, Jakobsson M, Somel M, Krzewińska M, Storå J, Götherström A, “Ancient genomes reveal multiple population transformations across Yakutia and Lake Baikal in Siberia”, 2021 (Accepted in Science Advances, in press) Impact Factor: 13
• Linderholm A, Kılınç GM, Szczepanek A, Włodarczak P Jarosz P, Belka Z, Dopieralska J, Werens K, Górski J, Mazurek M, Hozer M, Rybicka M, Ostrowski M, Bagińska J, Koman W, Rodríguez-Varela R, Storå J, Götherström A, Krzewińska M, “Corded Ware cultural complexity uncovered using genomic and isotopic analysis from south-eastern Poland”, Scientific Reports, 10, 2020: https://doi.org/10.1038/s41598-020-63138-w Impact Factor: 4 Citations: 3
• Kılınç GM, Kashuba N, Yaka R, Sumer AP, Yuncu E, Shergin D, Pestereva K, Ivanov G, Kichigin D, Volkov D, Mandryka P, Kharinskii A, Tishkin A, Ineshin E, Kovychev E, Stepanov A, Alekseev A, Fedoseeva S, Somel M, Jakobsson M, Krzewińska M, Storå J, Götherström A, “Investigating Holocene human population history in North Asia using ancient mitogenomes ”, Scientific Reports, 8, 2018. doi: https://doi.org/10.1038/s41598-018-27325-0 Impact Factor: 4 Citations: 7
• Krzewińska M*, Kılınç GM*, Juras A, Koptekin D, Chyleński M, Nikitin AG, Nikolai S, Iia S, Obydennova G, Leonova T, Kraeva LA, Sungatov FA, Sultanova AN, Kashuba N, Lukasik S, Krenz-Niedbala M, Dalen L, Sinika V, Jakobsson M, Storå J, Götherström A, “Ancient genomes suggest the eastern Pontic-Caspian steppe as the source of western Iron Age nomads”, Science Advances, 4, 2018. doi: https://doi.org/10.1126/sciadv.aat4457 (*co- first author) Impact Factor: 13 Citations: 21
• Krzewińska M, Kjellström A, Günther T, Hedenstierna-Jonson C, Zachrisson T, Omrak A, Yaka R, Kılınç GM, Somel M, Sobrado V, Evans J, Knipper C, Jakobsson M, Storå J, Götherström A, “Genomic and strontium isotope variation reveal immigration patterns in a Viking Age town”, Current Biology, 28, 1-9, 2018. doi: https://doi.org/10.1016/j.cub.2018.06.053 Impact Factor: 9.6 Citations: 16
• Günther T*, Malmström H*, Svensson E*, Omrak A*, Sanchez-Quinto F, Kılınç GM, Krzewińska M, Eriksson G, Fraser M, Edlund H, Munters AR, Coutinho A, Simoes L, Vicente M, Sjölander A, Sellevold BJ, Jørgensen R, Claes P, Shriver M, Valdiosera C, Netea MG, Apel J, Lidén K, Skar B, Storå J, Götherström A, Jakobsson M, “Population genomics of Mesolithic Scandinavia: Investigating early postglacial migration routes and high-latitude adaptation”, Plos Biology, 16(1): e2003703, 2017. doi: https://doi.org/10.1371/journal.pbio.2003703 Impact Factor: 7 Citations: 80
• Kılınç GM, Koptekin D, Atakuman Ç, Sümer AP, Dönertaş HM, Yaka R, Bilgin CC, Büyükkarakaya AM, Baird D, Altınışık E, Flegontov P, Götherström A, Togan I, Somel M, “Archaeogenomic analysis of the first steps of Neolithisation in Anatolia and the Aegean”, Proceedings of the Royal Society B, 284: 20172064, 2017. doi: https://doi.org/10.1098/rspb.2017.2064 Impact Factor: 4 Citations: 12
• Kılınç GM, Ayça Omrak A, Özer F, Günther T, Baird D, Büyükkarakaya AM, Dönertaş HM, Ghalichi A, Yaka R, Koptekin D, Açan SC, Parvizi P, Krzewińska M, Daskalaki E, Yüncü E, Dağtaş ND, Fairbairn A, Pearson J, Mustafaoğlu G, Erdal YS, Çakan YG, Bıçakçı E, Togan I, Somel M, Stora J, Jakobsson M, Götherström A, “The Demographic Development of the First Farmers in Anatolia”, Current Biology, 26:1–8, 2016. doi: //dx.doi.org/10.1016/j.cub.2016.07.057 Impact Factor: 9.6 Citations: 112
Dr. Öğr. Üyesi İdil YET
• Ashley van der Spek, Linda Broer, Harmen HM Draisma, René Pool, Eva Albrecht, Marian Beekman, Massimo Mangino, Mait Raag, Dale R Nyholt, Harish K Dharuri, Veryan Codd, Najaf Amin, Eco JC de Geus, Joris Deelen, Ayse Demirkan, Idil Yet, et al. (2019). Metabolomics reveals a link between homocysteine and lipid metabolism and leukocyte telomere length: the ENGAGE consortium. Scientific Reports. 9: 11623 https://doi.org/10.1038/s41598-019-47282-6
• Pei-Chien Tsai, Craig A. Glastonbury, Melissa N. Eliot, Sailalitha Bollepalli, Idil Yet, et al. (2018). Smoking induces coordinated DNA methylation and gene expression changes in adipose tissue with consequences for metabolic health. Clinical Epigenetics. https://doi.org/10.1186/s13148-018-0558-0
• Ake T. Lu, Luting Xue, Elias L. Salfati, Brian H. Chen, Luigi Ferrucci, Daniel Levy, Roby Joehanes, Joanne M. Murabito, Douglas P. Kiel, Pei-Chien Tsai, Idil Yet, et al. (2018). GWAS of epigenetic aging rates in blood reveals a critical role for TERT. Nature Communications. doi: 10.1038/s41467-017-02697-5
• C Liu, RE Marioni, Å K Hedman, L Pfeiffer, PC Tsai, LM Reynolds, AC Just, Q Duan, CG Boer, T Tanaka, CE Elks, S Aslibekyan, JA Brody, B Kühnel, C Herder, LM Almli, D Zhi, Y Wang, T Huan, C Yao, MM Mendelson, R Joehanes, L Liang, SA Love, W Guan, S Shah, AF McRae, A Kretschmer, H Prokisch, K Strauch, A Peters, PM Visscher, NR Wray, X Guo, KL Wiggins, AK Smith, EB Binder, KJ Ressler, MR Irvin, DM Absher, D Hernandez, L Ferrucci, S Bandinelli, K Lohman, J Ding, L Trevisi, S Gustafsson, JH Sandling, L Stolk, AG Uitterlinden, I Yet, et al., (2018) A DNA methylation biomarker of alcohol consumption. Molecular Psychiatry. doi: 10.1038/mp.2016.192
• Traylor, M., Malik, R., Nalls, M. A., Cotlarciuc, I., Radmanesh, F., Thorleifsson, G., Hanscombe, K. B., Langefeld, C., Saleheen, D., Rost, N. S., Yet, I., Spector, T. D., Bell, J. T, et al., (2017), Genetic Variation at 16q24.2 is associated with small vessel stroke. Annals of Neurology. doi:10.1002/ana.24840
• I Yet, et al., Genetic influences on metabolite levels: a comparison across metabolomic platforms. PLOS ONE, 11(4): e0153672. (2016)
• M Beaumont, JK Goodrich, MA Jackson, I Yet, et al., Heritable components of the human gut microbiome are associated with visceral fat, Genome Biology, 17 (1), 189. (2016)
• I Yet, et al., Genetic and environmental impacts on DNA methylation levels in twins, Epigenomics; 2016 Jan;8(1):105-17. (2016)
Doç. Dr. Ceren SUCULARLI
• Temel SG, Giray A, Karakas B, Gul O, Kozanoglu I, Celik H, Basaga H, Acikbas U, Sucularli C, Oztop S, Aka Y, Kutuk O (2020). RAB25 confers resistance to chemotherapy by altering mitochondrial apoptosis signaling in ovarian cancer cells. Apoptosis, 25(11-12), 799-816.
• Sucularli C (2019). Computational assessment of ska1 as a potential cancer biomarker. Turkish Journal Of Biochemistry-Turk Biyokimya Dergisi, 44(6), 752-760.
• Sucularli C, Thomas P, Kocak H, White JS, O Connor BC, Keegan C (2018). High-throughput gene expression analysis identifies p53- dependent and -independent pathways contributing to the adrenocortical dysplasia (acd) phenotype. Gene, 679, 219-231.
• Sucularli C, Toprak U, Arslantas M (2019). Gene expression data analysis for characterizing shared and type specific mechanisms of hcc and b-cll. Turkish Journal Of Biochemistry-Turk Biyokimya Dergisi, 44(1), 86-97.
• Sucularli C, Arslantas M (2017). Computational prediction and analysis of deleterious cancer associated missense mutations in dync1h1. Molecular And Cellular Probes, 34, 21-29.
• Bora G, Sucularli C, Hensel N, Claus P, Erdem Yurter H (2019). Investigations of microtubule-associated protein 2 gene expression in spinal muscular atrophy. Journal Of Pediatric Research, 6(2), 148-154.
• Yalcin E, Kara G, Celik E, Alpaslan F, Saylam G, Sucularli C, Ozturk S, Yilmaz E,Bayir O, Korkmaz MH,Denkbas EB (2019). Preparation and characterization of novel albumin-sericin nanoparticles as sirna delivery vehicle for laryngeal cancer treatment. Preparative Biochemistry Biotechnology, 49(7), 659-670.
• Sucularli C, Shehwana H, Kuscu C, Ciglidag D, Ozdag H, Konu O (2016). Functionally conserved effects of rapamycin exposure on zebrafish. Molecular Medicine Reports, 13(5), 4421-4430.