Biyoanalitik ve Omiks Laboratuvarı

Hakkında

Günümüzde yenilikçi teknolojiler sayesinde Omiks (genomiks, transkriptomiks, proteomiks, ve fluksomiks) analizlerinden elde edilen detaylı bilgi; hastalıkların mekanizması anlamak, onların erken teşhisini kolaylaştırıcı, bireysel tedavi stratejilerinin seçilmesi ve bunların etkinliğini değerlendirmek için büyük bir potansiyele sahiptir. Laboratuvarımız alt yapısı ve deneyimli çalışanları ile proteomiks, metabolomiks ve fluksomiks analizleri bir çok farklı analitik platformu bir arada kullanarak gerçekleştirebilmektedir.

Araştırma Olanakları

•    Sıvı Kromatografisi-Kütle Spektrometresi Cihazı (Agilent 6530 Accurate-Mass Q-Tof)

Araştırmacılar

•    Prof. Dr. Emirhan NEMUTLU
•    Doç. Dr. Mustafa ÇELEBİER
•    Araş. Gör. Ozan KAPLAN
•    Uzm. Kim. Cemil Can EYLEM (Doktora Öğrencisi)

Devam Eden Projeler

•    Bab Projesi: Tsa-2020-18566; Glioblastoma Multiforme, Menenjiyom (Birincil) Ve Metastaz (İkincil) Beyin Tümörlerine Ait Fenotiplerin Belirlenmesinde Kullanılacak Bütünleşik Omiks Analizler İçin Analitik Yöntem Geliştirilmesi Ve Uygulanması; Nursabah Elif Başcı Akduman (Yürütücü); Emirhan Nemutlu;
•    Bab Projesi: Ttu-2019-18473; Vitröz Humorde Radyoterapi İle İndüklenen Değişiklikler; Gözde Yazıcı; Emirhan Nemutlu;
•    Tubıtak Projesi: 1. 118s578; Nadir Bir Hastalık Olan Sistinozis Tanısında Ve Izleminde Kullanılabilecek Yeni Biyobelirteçlerin Araştırılması: Klinik Ve In Vitro Temelli Multiomik (Genomik, Proteomik, Metabolomik Ve Fluksomik) Çalışmalar; Rezan Topalloğlu; Sedef Kır; Emirhan Nemutlu
•    Tubıtak Projesi: 319s005; İntraserebroventriküler Streptozotosin Uygulaması İle Alzheimer Hastalığı Oluşturulmuş Farelerde İntranazal Metformin Tedavisi; İnci Kazkayası; Emirhan Nemutlu
•    Tubıtak Projesi: 219s661; Gbainvitro: Bağırsak-Beyin Ekseni (Gba)'Nın 3-Boyutlu (3b) Hücre Kültürü Teknolojisi İle Modellenmesi Ve Sofistike Omiks Platformlar İle Moleküler Mekanizmaların İncelenmesi; Burak Derkuş; Emirhan Nemutlu (Danışman);
•    Proje No: Thd-2020-18692, Proje Adı: Sinoviyum Ve Yağ Dokudan Elde Edilen Allojenik Mezenkimal Kök Hücrelerin Normal Ve Osteoartritli Kondrosit Hücre Hatları Üzerine Olan Etki Ve Etki Mekanizmasının İnvitro Ortamda İncelenmesi, Görevi: Araştırmacı, 28.09.2020 - 28.09.2021
•    Proje No: Ttu-2019-18400, Proje Adı: Preeklampside Ve Gestasyonel Hipertansiyonda Cyp4f2, 4f3, 4a11, 2j2, 2c9, 2c19, Solubl Epoksit Hidrolaz Enzimleri İle İlaç Transporteri Mdr1 Genetik Polimorfizmlerinin Etkileri, Görevi: Araştırmacı, 18.11.2019 - 18.01.2022
•    Proje No: Tsa-2019-17525, Proje Adı: Romatizmal Hastalıklarda Mikrobiatanın, Proteomik Ve Metabolomik Analiz Sonuçlarının Hastalık Patogenez Ve Seyrindeki Etkilerinin İncelenmesi. Kısım 2:Henoch Schönlein Purpura/Iga Vaskülitinde Proteomik İnceleme, Görevi: Araştırmacı, 31.01.2019- 31.01.2021

Tamamlanan Projeler

•    Metabolom Ve Transkriptom Profillemesi İle İnsan Kemik İliğinde Hematopoetik Niş Karakterizasyonu, Tubitak 1001, 2016, Proje No: 213s006, (Proje Yürütücüsü: Doç. Dr. Rıza Köksal Özgül)
•    Mezenkimal Kök Hücre Üretiminde In Vitro Temelli Metabolomik Ve Analizler, (Bab Proje Yürütücüsü: Prof.Dr. Fahriye Duygu Çetinkaya, Hızlı Destek, 2018, Proje No: Thd-2018-17187)
•    Proje No: 014 D04 301 002-518, Biyolojik Materyallerde Ve Bitkisel Kaynaklı Ürünlerde Gc-Ms İle Metabolomik Çalışmalar, Görevi: Yürütücü, 15.04.2014- 02.04.2018
•    Proje No: Thd-2018-16933, Proje Adı: Romatizmal Hastalıklarda Mikrobiatanın Ve Proteomik Ve Metabolomik Analiz Sonuçlarının Hastalık Patogenez Ve Seyrindeki Etkilerinin İncelenmesi: Kısım 1 Henoch Schönlein Purpurası/ Iga Vaskülitinde Metabolomik İnceleme, Görevi: Araştırmacı, 14.05.2018 – 19.072019
•    Proje No: Ay-2015-6923, Proje Adı: Kapsamında Hacettepe Üniversitesi Eczacılık Fakültesi İlaç Ve Kozmetik Ar-Ge Ve Kalite Kontrol Laboratuvarının (Hünikal) Akreditasyonu Projesi, Görevi: Araştırmacı, 29.07.2015 – 24.10.2016
•    Proje No: 114s500, Ankaferd® Bloodstopper Kanama Durdurucu? Nun Kolon Kanseri Üzerine İyileştirici Etkisinin Moleküler Düzeyde İncelenmesi, 1001 - Araştırma, Araştırmacı/Uzman, Sonuçlandı, Ardeb, Sbag - Sağlık Bilimleri Araştırma Destek Grubu, Projeye Katılma/Ayrılma Tarihleri: 01.12.2014 - 01.12.2017, Proje Başlangıç/Bitiş Tarihleri: 01.12.2014 - 01.12.2017.
•    Proje No: 115s456, Sistem Biyolojisi Yaklaşımıyla Siklodekstrin Nanopartiküllerin Farklı Kanser Hücreleri Üzerine Etkisinin İncelenmesi, 1001 - Araştırma, Yürütücü, Sonuçlandı, Ardeb, Sbag - Sağlık Bilimleri Araştırma Destek Grubu, Projeye Katılma/Ayrılma Tarihleri: 01.10.2015 - 01.10.2018, Proje Başlangıç/Bitiş Tarihleri: 01.10.2015 - 01.10.2018.
•    Proje No: 115s550, Çeşitli Antimikrobiyal Ajanların Tek Ve Kombine Olarak, Hastane Enfeksiyonu Etkeni Bazı Patojenlerin Oluşturduğu Monomikrobiyal Ve Polimikrobiyal Biyofilm Modelleri Üzerine Etkilerinin Ve Polimikrobiyal Biyofilmlerdeki Türlerarası Etkileşimlerin Transkriptomik Ve Metabolomik Yöntemlerle Araştırılması, 1001 - Araştırma, Danışman, Sonuçlandı, Ardeb, Sbag - Sağlık Bilimleri Araştırma Destek Grubu, Projeye Katılma/Ayrılma Tarihleri: 01.10.2015 - 01.10.2018,

Yayınlar

•    Ercan A, Çelebier M, Varan G, Öncül S, Nenni M, Kaplan O, Et Al. Global Omics Strategies To İnvestigate The Effect Of Cyclodextrin Nanoparticles On Mcf-7 Breast Cancer Cells. European Journal Of Pharmaceutical Sciences. 2018;123:377-86.
•    E.M. Gonulalan, E. Nemutlu, L.O. Demirezer, A New Perspective On Evaluation Of Medicinal Plant Biological Activities: The Correlation Between Phytomics And Matrix Metalloproteinases Activities Of Some Medicinal Plants Saudi Pharmaceutical Journal (2019) 27 (3), 446-452
•    E. Nemutlu, G. Orgul, T. Reçber, E. Özkan, E. Aydın, M. Turgal, M. AlikaşİfoğLu, S. Kır, M.S. Beksaç, Metabolic Infrastructure Of Pregnant Women With Trisomy 21 Fetuses; Metabolomic Analysis, Zeitschrift Für Geburtshilfe Und Neonatologie, 223 (05), 297-303, 2019
•    Taşcı Y, Fındık Rb, Pekcan Mk, Kaplan O, Çelebier M. Uplc-Q-Tof/Ms Based Untargeted Metabolite And Lipid Analysis On Premature Ovarian Insufficiency Plasma Samples. Current Pharmaceutical Analysis. 2019.
•    Koçak E, Kaplan O, Çelebier M. Liquid-Liquid Extraction And Ultrafiltration Based Sample Preparation Technique For Q-Tof Lc/Ms Analysis Of Non-Polar Metabolites İn Human Plasma Samples. Journal Of Research İn Pharmacy. 2019;23(6):1-6.
•    Koçak E, Çelebier M, Haznedaroglu Ic, Altınöz S. Analysis Of The Antiproliferative Effect Of Ankaferd Hemostat On Caco-2 Colon Cancer Cells Via Lc/Ms Shotgun Proteomics Approach. Biomed Research İnternational. 2019;2019.
•    Kaplan O, Çelebier M. Evaluation Of Recent Data Processing Strategies On Q-Tof Lc/Ms Based Untargeted Metabolomics Mass Spectrometry Letters. 2019;İn Press.
•    E.M. Gonulalan, E. Nemutlu, O. Bayazeid, E. Koçak, F.N. Yalçın, L.O. Demirezer, Metabolomics And Proteomics Profiles Of Some Medicinal Plants And Correlation With Bdnf Activity, Phytomedicine, 74,152920, 2020 Q1
•    C.C. Eylem, M. Yilmaz, B. Derkus, E. Nemutlu, C.B. Camci, E. Yilmaz, M. A. Turkoglu, B. Aytac, N. Ozyurt, E. Emregul, “Untargeted Multi-Omics Analysis Of Colorectal Cancer Specific Exosomes Reveals The Joint Pathways Of Colorectal Cancer İn Clinical Samples And Cell Culture” Cancer Letters, 469, 186-194, 2020 Q1
•    E. Koçak, C. Ozkul, G. Taşkor Önel, E. Nemutlu, S. Kır, M. Sağıroğlu, Screening The Antimicrobial Effect Of Ferrocene-Boronic Acid On Pseudomonas Aeruginosa Using Proteomics And Metabolomics Approach, Journal Of Research İn Pharmacy, 24(6), 812-820, 2020
•    Kaplan O, Öncül S, Ercan A, Çelebier M. Comparison Of Cell Lysis Techniques Via Q-Tof Lc/Ms. Mass Spectrometry Letters. 2020;11(2):36-40.
•    Kaplan O, Çelebier M. Evaluation Of Recent Data Processing Strategies On Q-Tof Lc/Ms Based Untargeted Metabolomics. Mass Spectrometry Letters. 2020;11(1):1-5.
•    Demir S, Kaplan O, Celebier M, Sag E, Bilginer Y, Lay I, Et Al. Predictive Biomarkers Of Iga Vasculitis With Nephritis By Metabolomic Analysis. Seminars İn Arthritis And Rheumatism. 2020;50(6):1238-44.
•    Çelebier M, Kaplan O, Özel Ş, Engin-Üstün Y. Polycystic Ovary Syndrome İn Adolescents: Q-Tof Lc/Ms Analysis Of Human Plasma Metabolome. Journal Of Pharmaceutical And Biomedical Analysis. 2020;191:113543.

Bağlantılar

Resmi Web Adresi
hunikal.hacettepe.edu.tr

Hakkında

Günümüzde yenilikçi teknolojiler sayesinde Omiks (genomiks, transkriptomiks, proteomiks, ve fluksomiks) analizlerinden elde edilen detaylı bilgi; hastalıkların mekanizması anlamak, onların erken teşhisini kolaylaştırıcı, bireysel tedavi stratejilerinin seçilmesi ve bunların etkinliğini değerlendirmek için büyük bir potansiyele sahiptir. Laboratuvarımız alt yapısı ve deneyimli çalışanları ile proteomiks, metabolomiks ve fluksomiks analizleri bir çok farklı analitik platformu bir arada kullanarak gerçekleştirebilmektedir.

Araştırma Olanakları

•    Sıvı Kromatografisi-Kütle Spektrometresi Cihazı (Agilent 6530 Accurate-Mass Q-Tof)

Araştırmacılar

•    Prof. Dr. Emirhan NEMUTLU
•    Doç. Dr. Mustafa ÇELEBİER
•    Araş. Gör. Ozan KAPLAN
•    Uzm. Kim. Cemil Can EYLEM (Doktora Öğrencisi)

Devam Eden Projeler

•    Bab Projesi: Tsa-2020-18566; Glioblastoma Multiforme, Menenjiyom (Birincil) Ve Metastaz (İkincil) Beyin Tümörlerine Ait Fenotiplerin Belirlenmesinde Kullanılacak Bütünleşik Omiks Analizler İçin Analitik Yöntem Geliştirilmesi Ve Uygulanması; Nursabah Elif Başcı Akduman (Yürütücü); Emirhan Nemutlu;
•    Bab Projesi: Ttu-2019-18473; Vitröz Humorde Radyoterapi İle İndüklenen Değişiklikler; Gözde Yazıcı; Emirhan Nemutlu;
•    Tubıtak Projesi: 1. 118s578; Nadir Bir Hastalık Olan Sistinozis Tanısında Ve Izleminde Kullanılabilecek Yeni Biyobelirteçlerin Araştırılması: Klinik Ve In Vitro Temelli Multiomik (Genomik, Proteomik, Metabolomik Ve Fluksomik) Çalışmalar; Rezan Topalloğlu; Sedef Kır; Emirhan Nemutlu
•    Tubıtak Projesi: 319s005; İntraserebroventriküler Streptozotosin Uygulaması İle Alzheimer Hastalığı Oluşturulmuş Farelerde İntranazal Metformin Tedavisi; İnci Kazkayası; Emirhan Nemutlu
•    Tubıtak Projesi: 219s661; Gbainvitro: Bağırsak-Beyin Ekseni (Gba)'Nın 3-Boyutlu (3b) Hücre Kültürü Teknolojisi İle Modellenmesi Ve Sofistike Omiks Platformlar İle Moleküler Mekanizmaların İncelenmesi; Burak Derkuş; Emirhan Nemutlu (Danışman);
•    Proje No: Thd-2020-18692, Proje Adı: Sinoviyum Ve Yağ Dokudan Elde Edilen Allojenik Mezenkimal Kök Hücrelerin Normal Ve Osteoartritli Kondrosit Hücre Hatları Üzerine Olan Etki Ve Etki Mekanizmasının İnvitro Ortamda İncelenmesi, Görevi: Araştırmacı, 28.09.2020 - 28.09.2021
•    Proje No: Ttu-2019-18400, Proje Adı: Preeklampside Ve Gestasyonel Hipertansiyonda Cyp4f2, 4f3, 4a11, 2j2, 2c9, 2c19, Solubl Epoksit Hidrolaz Enzimleri İle İlaç Transporteri Mdr1 Genetik Polimorfizmlerinin Etkileri, Görevi: Araştırmacı, 18.11.2019 - 18.01.2022
•    Proje No: Tsa-2019-17525, Proje Adı: Romatizmal Hastalıklarda Mikrobiatanın, Proteomik Ve Metabolomik Analiz Sonuçlarının Hastalık Patogenez Ve Seyrindeki Etkilerinin İncelenmesi. Kısım 2:Henoch Schönlein Purpura/Iga Vaskülitinde Proteomik İnceleme, Görevi: Araştırmacı, 31.01.2019- 31.01.2021

Tamamlanan Projeler

•    Metabolom Ve Transkriptom Profillemesi İle İnsan Kemik İliğinde Hematopoetik Niş Karakterizasyonu, Tubitak 1001, 2016, Proje No: 213s006, (Proje Yürütücüsü: Doç. Dr. Rıza Köksal Özgül)
•    Mezenkimal Kök Hücre Üretiminde In Vitro Temelli Metabolomik Ve Analizler, (Bab Proje Yürütücüsü: Prof.Dr. Fahriye Duygu Çetinkaya, Hızlı Destek, 2018, Proje No: Thd-2018-17187)
•    Proje No: 014 D04 301 002-518, Biyolojik Materyallerde Ve Bitkisel Kaynaklı Ürünlerde Gc-Ms İle Metabolomik Çalışmalar, Görevi: Yürütücü, 15.04.2014- 02.04.2018
•    Proje No: Thd-2018-16933, Proje Adı: Romatizmal Hastalıklarda Mikrobiatanın Ve Proteomik Ve Metabolomik Analiz Sonuçlarının Hastalık Patogenez Ve Seyrindeki Etkilerinin İncelenmesi: Kısım 1 Henoch Schönlein Purpurası/ Iga Vaskülitinde Metabolomik İnceleme, Görevi: Araştırmacı, 14.05.2018 – 19.072019
•    Proje No: Ay-2015-6923, Proje Adı: Kapsamında Hacettepe Üniversitesi Eczacılık Fakültesi İlaç Ve Kozmetik Ar-Ge Ve Kalite Kontrol Laboratuvarının (Hünikal) Akreditasyonu Projesi, Görevi: Araştırmacı, 29.07.2015 – 24.10.2016
•    Proje No: 114s500, Ankaferd® Bloodstopper Kanama Durdurucu? Nun Kolon Kanseri Üzerine İyileştirici Etkisinin Moleküler Düzeyde İncelenmesi, 1001 - Araştırma, Araştırmacı/Uzman, Sonuçlandı, Ardeb, Sbag - Sağlık Bilimleri Araştırma Destek Grubu, Projeye Katılma/Ayrılma Tarihleri: 01.12.2014 - 01.12.2017, Proje Başlangıç/Bitiş Tarihleri: 01.12.2014 - 01.12.2017.
•    Proje No: 115s456, Sistem Biyolojisi Yaklaşımıyla Siklodekstrin Nanopartiküllerin Farklı Kanser Hücreleri Üzerine Etkisinin İncelenmesi, 1001 - Araştırma, Yürütücü, Sonuçlandı, Ardeb, Sbag - Sağlık Bilimleri Araştırma Destek Grubu, Projeye Katılma/Ayrılma Tarihleri: 01.10.2015 - 01.10.2018, Proje Başlangıç/Bitiş Tarihleri: 01.10.2015 - 01.10.2018.
•    Proje No: 115s550, Çeşitli Antimikrobiyal Ajanların Tek Ve Kombine Olarak, Hastane Enfeksiyonu Etkeni Bazı Patojenlerin Oluşturduğu Monomikrobiyal Ve Polimikrobiyal Biyofilm Modelleri Üzerine Etkilerinin Ve Polimikrobiyal Biyofilmlerdeki Türlerarası Etkileşimlerin Transkriptomik Ve Metabolomik Yöntemlerle Araştırılması, 1001 - Araştırma, Danışman, Sonuçlandı, Ardeb, Sbag - Sağlık Bilimleri Araştırma Destek Grubu, Projeye Katılma/Ayrılma Tarihleri: 01.10.2015 - 01.10.2018,

Yayınlar

•    Ercan A, Çelebier M, Varan G, Öncül S, Nenni M, Kaplan O, Et Al. Global Omics Strategies To İnvestigate The Effect Of Cyclodextrin Nanoparticles On Mcf-7 Breast Cancer Cells. European Journal Of Pharmaceutical Sciences. 2018;123:377-86.
•    E.M. Gonulalan, E. Nemutlu, L.O. Demirezer, A New Perspective On Evaluation Of Medicinal Plant Biological Activities: The Correlation Between Phytomics And Matrix Metalloproteinases Activities Of Some Medicinal Plants Saudi Pharmaceutical Journal (2019) 27 (3), 446-452
•    E. Nemutlu, G. Orgul, T. Reçber, E. Özkan, E. Aydın, M. Turgal, M. AlikaşİfoğLu, S. Kır, M.S. Beksaç, Metabolic Infrastructure Of Pregnant Women With Trisomy 21 Fetuses; Metabolomic Analysis, Zeitschrift Für Geburtshilfe Und Neonatologie, 223 (05), 297-303, 2019
•    Taşcı Y, Fındık Rb, Pekcan Mk, Kaplan O, Çelebier M. Uplc-Q-Tof/Ms Based Untargeted Metabolite And Lipid Analysis On Premature Ovarian Insufficiency Plasma Samples. Current Pharmaceutical Analysis. 2019.
•    Koçak E, Kaplan O, Çelebier M. Liquid-Liquid Extraction And Ultrafiltration Based Sample Preparation Technique For Q-Tof Lc/Ms Analysis Of Non-Polar Metabolites İn Human Plasma Samples. Journal Of Research İn Pharmacy. 2019;23(6):1-6.
•    Koçak E, Çelebier M, Haznedaroglu Ic, Altınöz S. Analysis Of The Antiproliferative Effect Of Ankaferd Hemostat On Caco-2 Colon Cancer Cells Via Lc/Ms Shotgun Proteomics Approach. Biomed Research İnternational. 2019;2019.
•    Kaplan O, Çelebier M. Evaluation Of Recent Data Processing Strategies On Q-Tof Lc/Ms Based Untargeted Metabolomics Mass Spectrometry Letters. 2019;İn Press.
•    E.M. Gonulalan, E. Nemutlu, O. Bayazeid, E. Koçak, F.N. Yalçın, L.O. Demirezer, Metabolomics And Proteomics Profiles Of Some Medicinal Plants And Correlation With Bdnf Activity, Phytomedicine, 74,152920, 2020 Q1
•    C.C. Eylem, M. Yilmaz, B. Derkus, E. Nemutlu, C.B. Camci, E. Yilmaz, M. A. Turkoglu, B. Aytac, N. Ozyurt, E. Emregul, “Untargeted Multi-Omics Analysis Of Colorectal Cancer Specific Exosomes Reveals The Joint Pathways Of Colorectal Cancer İn Clinical Samples And Cell Culture” Cancer Letters, 469, 186-194, 2020 Q1
•    E. Koçak, C. Ozkul, G. Taşkor Önel, E. Nemutlu, S. Kır, M. Sağıroğlu, Screening The Antimicrobial Effect Of Ferrocene-Boronic Acid On Pseudomonas Aeruginosa Using Proteomics And Metabolomics Approach, Journal Of Research İn Pharmacy, 24(6), 812-820, 2020
•    Kaplan O, Öncül S, Ercan A, Çelebier M. Comparison Of Cell Lysis Techniques Via Q-Tof Lc/Ms. Mass Spectrometry Letters. 2020;11(2):36-40.
•    Kaplan O, Çelebier M. Evaluation Of Recent Data Processing Strategies On Q-Tof Lc/Ms Based Untargeted Metabolomics. Mass Spectrometry Letters. 2020;11(1):1-5.
•    Demir S, Kaplan O, Celebier M, Sag E, Bilginer Y, Lay I, Et Al. Predictive Biomarkers Of Iga Vasculitis With Nephritis By Metabolomic Analysis. Seminars İn Arthritis And Rheumatism. 2020;50(6):1238-44.
•    Çelebier M, Kaplan O, Özel Ş, Engin-Üstün Y. Polycystic Ovary Syndrome İn Adolescents: Q-Tof Lc/Ms Analysis Of Human Plasma Metabolome. Journal Of Pharmaceutical And Biomedical Analysis. 2020;191:113543.

Bağlantılar

Resmi Web Adresi
hunikal.hacettepe.edu.tr