Biyoinformatik Laboratuvarı
Hakkında
Günümüzde hızla gelişen biyolojik verilerin varlığı laboratuvar olanaklarının hem donanımsal hem de yazılımsal açıdan hazır halde olmasını gerekli kılmıştır. Bu amaç doğrultusunda bölümümüzde Botanik Anabilim Dalı içerisinde, Moleküler Bitki Sistematiği Laboratuvarına (MOBİS) entegre, Biyoinformatik Laboratuvarı kurulmuştur.
Biyoinformatik laboratuvarında yüksek hacimli moleküler verilerin çalışılması ile birlikte lisansüstü araştırmacılarımızın bilgi ve yeteneklerinin geliştirilmesi için eğitim programları da düzenlenmektedir. Aşağıda verilen şemada hem çalışmalarımızın hem de verilen eğitimler için uygulanan genel bir iş akışı verilmiştir.
Genom dizilemesi tamamlanan örneklerin ham verileri ilk önce kalite kontrol işlemlerinden geçirilmektedir. Ardından referans genomun varlığına göre çeşitli biyoinformatik analizleri laboratuvarımızda yürütülmektedir.
Araştırma Olanakları
Biyoinformatik Laboratuvarında 1 adet Imac Pro ve iki adet Windows 10 işletim sistemine sahip bilgisayar, lisanslı ve açık kaynaklı biyoinformatik yazılımlarıyla birlikte mevcuttur. Biyoinformatik Laboratuvarlarında bir adet veri depolama ve paylaşım amacıyla Synology NAS sunucusuyla bulut tabanlı sistem kurulmuştur. Bu sistem sayesinde araştırmacılarımız verilerini yedekleyerek çalışma grupları arasında kolaylıkla veri paylaşımında bulunmaktadır. İlaveten araştırmacılarımız TÜBİTAK ULAKBİM Yüksek Başarımlı ve Grid Hesaplama Merkezinden faydalanarak yüksek hacimli biyolojik verilerin analiz edilmesine olanak sağlamaktadır.
Lisanslı programlar:
Geneious Prime 6. ve 10. versiyon (İçerisinde ek paketler yüklü haldedir)
R Studio
PyCharm
Anaconda Navigator
Açık kaynaklı programlar:
FastQC
Fastp
Soapnuke
Samtools
Bcftools
Bamtools
Bedtools
GATK
Vcftools
PLINK
ANSGD
Selscan
RELATE
Orthofinder
Stacks
PyRAD
BWA
Bowtie
Minimap2
Spades
Karect
Quast
CANU
FALCON
NextDeNovo
Pilon
Medaka
Nanopolish
Repeatmasker
RepeatModeler
RECON
RepeatScout
LTRFinder
Interproscan
Araştırmacılar
Prof. Dr. Ali A. Dönmez
Doç. Dr. Zübeyde Uğurlu Aydın
Doktora Öğr. Yasin Kaya
Yüksek Lisans Öğr. İlayda Gülmez
Yüksek Lisans Öğr. Gamze Kavak
Yüksek Lisans Öğr. Miraç Eyüpoğlu
Devam Eden Proje ve Tez Çalışmaları
Devam Eden Projeler
(TÜBİTAK-KBAG 118Z708 numaralı proje) - Türkiye Polygala L. (Polygalaceae) Cinsinin Biyosistematik ve Kemosistematik Yaklaşımla Taksonomi, Filogeni ve Filocoğrafyası - Prof. Dr. Ali A. Dönmez
(TÜBİTAK-KBAG 119Z490 numaralı proje) - Türkiye Florasının Evrimsel Mirası ve Avrupa'da Bitkisel Çeşitlilik Oluşumuna Katkısı: Genomdan Ekolojiye Kanıtlar - Prof. Dr. Ali A. Dönmez
(TÜBİTAK-KBAG 218Z029 numaralı proje) Azerbaycan'da Bulunan Ekonomik Açıdan Önemli Yabani Meyve Türleri (Pruneae ve Maleae Oymağı-Rosaceae) Üzerine Biçeşitlilik ve Moleküler Araştırmalar - Prof. Dr. Ali A. Dönmez
Devam Eden Tez Çalışmaları:
|
Yıl |
Derece |
Başlık |
Öğrenci |
Danışman |
|
2022/24 |
Doktora |
Prunus argentea’nın Genomiği ve Yakın Türlerde Gen Bloklarının Evrimi |
Yasin Kaya |
Prof. Dr. Ali A. Dönmez |
|
2022/23 |
Yüksek Lisans |
Polygala vulgaris’in L. (Polygalaceae) Ploidi Düzeyinin Yeni Nesil Dizileme Yöntemiyle İncelenmesi |
İlayda Gülmez |
Doç. Dr. Zübeyde Aydın |
|
2022/23 |
Yüksek Lisans |
Sorbus erzincanica'nın Tür Oluşum Mekanizmasinin Yeni Nesil Dizileme Teknolojisi ve Akış Sitometri Yöntemi ile Araştırılması |
Gamze Kavak |
Prof. Dr. Ali A. Dönmez |
|
2022/23 |
Yüksek Lisans |
Polygala supina’nın (Polygalaceae) Genom Analizi |
Miraç Eyüpoğlu |
Prof. Dr. Ali A. Dönmez |
Tamamlanmış Proje ve Tez Çalışmaları
Tamamlanmış Tez Çalışmaları:
|
Yıl |
Derece |
Başlık |
Öğrenci |
Danışman |
|
2021 |
Yüksek Lisans |
Aubrieta canescens (Boiss.) Bornm. (Brassicaceae)’in Yeni Nesil Dizileme Teknolojisiyle Tüm Genomunun Dizilenmesi (WGS) ve Tür İçi Populasyonlarında Genetik Yapıların Aydınlatılması |
Yasin Kaya |
Prof. Dr. Ali A. Dönmez |
Tamamlanmış Projeler:
(TÜBİTAK-KBAG 217Z132) - Türkiye Aubrieta Adans. (Brassicaceae) Taksonlarının Taksonomi, Filogeni ve Filocoğrafyası - Prof. Dr. Ali A. Dönmez
Yayınlar
Yasin Kaya, Zübeyde Uğurlu Aydın, Xu Cai, Xiaowu Wang, Ali A Dönmez, Genome-wide characterization of two Aubrieta taxa: Aubrieta canescens subsp. canescens and A. macrostyla (Brassicaceae), AoB PLANTS, 2022, plac035, https://doi.org/10.1093/aobpla/plac035
Yasin Kaya, Betül D., Zübeyde U. Aydın, Emel O. D., Hüsnü C. B., Ali A. Dönmez, Structural similarities of phytochemicals significantly contribute to species delimitation of the tribe Nigelleae L. (Ranunculaceae), Journal of Essential Oils, 2022, doi: 10.1080/10412905.2022.2147591
Bağlantılar
Uluslarası Bitki Adlandırma İndeksi: https://www.ipni.org/
1.416.000 Bitki Veritabanı: https://powo.science.kew.org/
MOBIS NCBI BioProject: https://www.ncbi.nlm.nih.gov/bioproject/PRJNA789857
Hakkında
Günümüzde hızla gelişen biyolojik verilerin varlığı laboratuvar olanaklarının hem donanımsal hem de yazılımsal açıdan hazır halde olmasını gerekli kılmıştır. Bu amaç doğrultusunda bölümümüzde Botanik Anabilim Dalı içerisinde, Moleküler Bitki Sistematiği Laboratuvarına (MOBİS) entegre, Biyoinformatik Laboratuvarı kurulmuştur.
Biyoinformatik laboratuvarında yüksek hacimli moleküler verilerin çalışılması ile birlikte lisansüstü araştırmacılarımızın bilgi ve yeteneklerinin geliştirilmesi için eğitim programları da düzenlenmektedir. Aşağıda verilen şemada hem çalışmalarımızın hem de verilen eğitimler için uygulanan genel bir iş akışı verilmiştir.
Genom dizilemesi tamamlanan örneklerin ham verileri ilk önce kalite kontrol işlemlerinden geçirilmektedir. Ardından referans genomun varlığına göre çeşitli biyoinformatik analizleri laboratuvarımızda yürütülmektedir.