Endüstriyel Biyoteknoloji ve Biyomolekül Mühendisliği Araştırma Laboratuvarı

Hakkında

Endüstriyel enzimler, rekombinant antikor fragmanları ve biyopolimerlerin bakteriyel sistemlerde yüksek verimde üretimi ve teranostik aptamerlerin seçilimine yönelik yaptığımız çalışmalarda, genetik modifikasyonlar, biyoreaktörde üretim prosesinin tasarımı, metabolik reaksiyonların matematiksel modellemesi veya üretilen rekombinant ürünün ortamdan yüksek verimde saflaştırılması üzerine yoğunlaşmaktayız.

Araştırma Olanakları

PCR cihazı
Nano-spektrofotometre
Mini-Biyoreaktör Sistemi
İnkübator
Çalkalamalı inkübator
Soğutmalı santrifüj (2 ml, 15 ml ve 50 ml tüplere uygun rotor)
Mini santrifüj (0.5 ve 2 ml tüplere uygun rotor)
UV-Vis Spektrofotometre
Laminer steril kabin
Yatay elektroforez sistemi
Dikey elektroforez ve Western aktarım modülü
Jel görüntü analiz sistemi
Jel görüntüleme tepsisi
Mikroplaka okuyucu
Ultrasonik homojenizatör
Vorteks
3D çalkalayıcı
pH metre
Ultra-saf su cihazı
Otoklav
4°C soğutucu
-20°C derin dondurucu
-86°C derin dondurucu
Mikrodalga fırın
UPS

Araştırmacılar

Doç. Dr. Eda Çelik-Akdur
Arş. Gör. Dr. Murat Akdoğan (Kimya Müh.)
Arş. Gör. Dr. İlkay Koçer Kuloğlu (Kimya Müh.)
Dilek Şahinbaş (Biyomüh. A.B.D PhD öğrencisi)
Emine Altun (Biyomüh. A.B.D PhD öğrencisi, eş-danışmanı olarak)
Selçuk Uğurlu (Kimya Müh., MSc öğrencisi)
Selen Cilasun (Biyomüh. A.B.D, MSc öğrencisi)
Nerve Cansu İşeri (Biyomüh. A.B.D, MSc öğrencisi)

Devam Eden Projeler

  •  “Anti-HER2 Antikor Fragmentinin Bakterilerde Çözünür Formda Üretimine Yönelik Proses Geliştirilmesi”, HÜ-BAP-FBA-2021-18857, Yürütücü, 10/03/2021-12/09/2022.
  •  “Ortopedik İmplant Kaynaklı Enfeksiyon Etkeni olan Staphylococcus epidermidis’e Özgü Aptamer Geliştirilmesi ve Aptamerin Biyofilm Oluşumuna Etkisinin in vitro Koşullarda İncelenmesi”, TÜBİTAK Proje No: 118Z798, Araştırmacı, 01/03/2019-01/03/2022.
  • "Sitokin Fırtınasının Teşhisine Yönelik Rekombinant anti-TNF ve anti-IL6 Antikor Fragmentlerinin Üretimi ve Genetik Modifikasyonu", TÜBİTAK Proje No: 121M179, Danışman, 01/07/2021-01/07/2022.

Tamamlanan Projeler

•    “Tıbbi tanıya yönelik ve osteosarkoma özgü aptamerin hücre-SELEX yöntemi ile geliştirilmesi”, HÜ-BAP- FHD-2018-17245, Yürütücü, 08/2018–07/2019, Bütçe: 30 000 TL.
•    “Rekombinant Bacillus megaterium ile Biyopolimer Üretimi ve Karakterizasyonu”, HÜ-BAP-FBB-2016-11851, Yürütücü, 11/2016–06/2019, Bütçe: 145 000 TL.
•    “Fonksiyonel Gruplu Formda Manyetik Silika Mikrokürelerin Sentezi ve Biyoteknolojik Uygulama Performanslarının Belirlenmesi”, TÜBİTAK Proje No: 115M615, Danışman, 01/10/2015- 01/04/2017.  
•    “Antimikrobiyal Polimerlerin Kompostlaştırma Veriminin Baskın Türler Kullanılarak Arttırılması”, TÜBİTAK Proje No: 114Y559, Araştırmacı, 01/05/2015 – 01/05/2017. Bütçe: 240 000 TL.
•    “Biyoyakıt Sektörüne Yönelik Yeni Nesil Selülaz Enzimlerinin Rekombinant Escherichia coli Bakterisinde Üretimi”, TÜBİTAK Proje No: 114M133, Yürütücü, 15/11/2014 - 15/02/2016. Bütçe: 60 000 TL.
•    “Development of Glyco-Phage Arrays as a Novel High-Throughput Method for Glycomics”, Avrupa Birliği Proje No: FP7-PEOPLE-2012-CIG-322096, Kariyer Projesi Lideri ve Bursiyeri, 01/10/2012 – 30/09/2016. Bütçe: 100 000 Euro.

Yayınlar

A. SCI Indeks’te Taranan Dergilerde Basılan Makaleler

•    Tsogtbaatar K., Sousa D.A., Ferreira D., Tevlek A., Aydın H.M., Çelik E., Rodrigues L., 2022. In vitro selection of DNA aptamers against human osteosarcoma. Investigational New Drugs, 40(1): 172-181.

•    Koçer İ., Cox E.C., DeLisa M.P., Çelik E., 2021. Effects of variable domain orientation on anti-HER2 single-chain variable fragment antibody expressed in the Escherichia coli cytoplasm. Biotechnology Progress, 37(2), e3102.

•    Akdoğan M., Çelik E., 2021. Enhanced production of poly(3-hydroxybutyrate-co-3-hydroxyvalerate) biopolymer by recombinant Bacillus megaterium in fed-batch bioreactors. Bioprocess and Biosystems Engineering, 44(2): 403-416.

•    Altun E., Çelik E., Yavuz Ersan H., 2020. Tailoring the Microbial Community for Improving the Biodegradation of Chitosan Films in Composting Environment, Journal of Polymers and the Environment, 28:1548–1559.

•    Yıldırım D, Kip Ç, Tsogtbaatar K, Koçer İ, Çelik E, Tuncel A, 2020. Microfluidic immobilized metal affinity chromatography based on Ti(IV)-decorated silica microspheres for purification of phosphoproteins. Journal of Chromatography B, 1140: 122010.

•    Gökçal B, Kip Ç, Şahinbaş D, Çelik E, Tuncel A, 2020. Silica microspheres functionalized with the iminodiacetic acid/copper(II) complex as a peroxidase mimic for use in metal affinity chromatography-based colorimetric determination of histidine-tagged proteins. Microchimica Acta, 187:121.

•    Kip Ç, Babacan-Tosun R, Alpaslan S, Koçer I, Çelik E, Tuncel A, 2019. Ni(II)-decorated porous titania microspheres as a stationary phase for column chromatography applications: Highly selective purification of hemoglobin from human blood. Talanta, 200, 100-106.

•    Kip Ç, Gülüşür H, Çelik E, Usta DD, Tuncel A, 2019. Isolation of RNA and beta-NAD by phenylboronic acid functionalized, monodisperse-porous silica microspheres as sorbent in batch and microfluidic boronate affinity systems. Colloids and Surfaces B: Biointerfaces, 174, 333-342.

•    Akdoğan M, Çelik E, 2018. Purification and characterization of polyhydroxyalkanoate (PHA) from Bacillus megaterium strain using various dehydration techniques. Journal of Chemical Technology & Biotechnology. 93, 8, 2018, 2292-2298.

•    Salimi K, Usta DD, Koçer I, Çelik E, Tuncel A, 2018. Protein A and protein A/G coupled magnetic SiO2 microspheres for affinity purification of immunoglobulin G. International Journal of Biological Macromolecules. 111, 2018, 178-185.

•    Salimi K, Usta DD, Koçer I, Çelik E, Tuncel A, 2017. Highly selective magnetic affinity purification of histidine-tagged proteins by Ni2+ carrying monodisperse composite microspheres. RSC Advances, 7, 8718-8726.

•    Yıldırım Z, Çelik E, 2017. Periplasmic and extracellular production of cellulase from recombinant Escherichia coli cells. Journal of Chemical Technology & Biotechnology, 92, 2, 319-324.

B. Ulusal ve Uluslararası bilimsel toplantılarda sunulan ve bildiri kitabında (Proceeding) basılan bildiriler

•    Koçer İ., Şahinbaş D, Cilasun S. Çelik E., 5-7/03/2020. Production of ScFv Antibody Fragments and Their Applications. International Biotechnology Congress (BIOTürkiye-2020), İstanbul, Türkiye, Abstract Book, P39 (sözlü sunum).

•    Çağdaş-Tunalı, B., Çelik E., Türk M., 17-20/10/2019. Development of hyaluronic acid-polyethylenimine delivery system for gene silencing in cancer treatment. 24th International Biomedical Science & Technology Symposium (BIOMED 2019), İzmir, Türkiye, Abstract Book, p78.

•    Altun, E., Çelik E., Yavuz Ersan H., 2-4/5/2018. Biodegradation Behavior of Two Different Chitosan Films under Controlled Composting Environment, Eurasia 2018 Waste Management Symposium, YTU Davutpaşa Kongre Merkezi, İstanbul, p804-808.  

•    Çağdaş-Tunalı, B., Çelik E., Türk M., 12-14/5/2017. Hyaluronic acid-polyethylenimine delivery system for gene silencing, 22nd International Biomedical Science & Technology Symposium (BIOMED 2017), Ankara, Türkiye, Abstract Book p065. (poster)

•    Çelik E. 5-7/10/2016. Glycophage based arrays as an alternative biosensor for pathogen detection. 3rd International Congress on Biosensors, Ankara, Türkiye, Özet kitabı OP0210.

•    Yıldırım Z., Çelik E. 23-26/8/2016. Rekombinant selülazın glikoprotein yapısında Escherichia coli bakterisinde üretimi. 12. Ulusal Kimya Mühendisliği Kongresi (UKMK2016). İzmir, Türkiye. Özet Kitabı s15 (sözlü sunum).

•     Altun E., Çelik E., Yavuz Ersan H. 23-26/8/2016. Kitosan filmlerin kontrollü kompost reaktörlerinde degredasyonu mekanizmasının incelenmesi. 12. Ulusal Kimya Mühendisliği Kongresi (UKMK2016). İzmir, Türkiye, Özet Kitabı s258.

•    Akdogan M., Çelik E. 26-29/9/2016. Production and characterization of poly-3-hydroxybutyrate (PHB) under different dehydration techniques by Bacillus megaterium strain. 15th International Symposium on Biopolymers (ISBP2016), Madrid, Spain. Abstract Book p58. (poster)

•    Çelik E., 3-6/7/2016. Production of glycosylated recombinant proteins and phage particles in Escherichia coli. 17th European Congress on Biotechnology (ECB2016), Krakow, Poland. New Biotechnology 33, S44. (sözlü sunum)

•    Usta D.D., Salimi K., Koçer I., Çelik E., Tuncel A., 19-24/6/2016. A New Magnetic-silica Based Sorbent for Isolation of Green Fluorescent Protein by Immobilized Metal Affinity Chromatography. 44th International Symposium & Exhibit on High Performance Liquid Phase Separations and Related Techniques (HPLC2016), San Francisco, USA. Abstract Book. (# P-Th-2432)

C.    Uluslararası kitaplar veya kitaplarda bölümler

Gündüz Ergün B., Hüccetoğulları D., Öztürk S., Çelik E., Çalık P., 2019. Established and Upcoming Yeast Expression Systems. In: Gasser B., Mattanovich D. (eds), Recombinant Protein Production in Yeast. Methods in Molecular Biology, vol 1923, 1-74, Humana Press, New

 

Bağlantılar

Hakkında

Endüstriyel enzimler, rekombinant antikor fragmanları ve biyopolimerlerin bakteriyel sistemlerde yüksek verimde üretimi ve teranostik aptamerlerin seçilimine yönelik yaptığımız çalışmalarda, genetik modifikasyonlar, biyoreaktörde üretim prosesinin tasarımı, metabolik reaksiyonların matematiksel modellemesi veya üretilen rekombinant ürünün ortamdan yüksek verimde saflaştırılması üzerine yoğunlaşmaktayız.

Araştırma Olanakları

PCR cihazı
Nano-spektrofotometre
Mini-Biyoreaktör Sistemi
İnkübator
Çalkalamalı inkübator
Soğutmalı santrifüj (2 ml, 15 ml ve 50 ml tüplere uygun rotor)
Mini santrifüj (0.5 ve 2 ml tüplere uygun rotor)
UV-Vis Spektrofotometre
Laminer steril kabin
Yatay elektroforez sistemi
Dikey elektroforez ve Western aktarım modülü
Jel görüntü analiz sistemi
Jel görüntüleme tepsisi
Mikroplaka okuyucu
Ultrasonik homojenizatör
Vorteks
3D çalkalayıcı
pH metre
Ultra-saf su cihazı
Otoklav
4°C soğutucu
-20°C derin dondurucu
-86°C derin dondurucu
Mikrodalga fırın
UPS

Araştırmacılar

Doç. Dr. Eda Çelik-Akdur
Arş. Gör. Dr. Murat Akdoğan (Kimya Müh.)
Arş. Gör. Dr. İlkay Koçer Kuloğlu (Kimya Müh.)
Dilek Şahinbaş (Biyomüh. A.B.D PhD öğrencisi)
Emine Altun (Biyomüh. A.B.D PhD öğrencisi, eş-danışmanı olarak)
Selçuk Uğurlu (Kimya Müh., MSc öğrencisi)
Selen Cilasun (Biyomüh. A.B.D, MSc öğrencisi)
Nerve Cansu İşeri (Biyomüh. A.B.D, MSc öğrencisi)

Devam Eden Projeler

  •  “Anti-HER2 Antikor Fragmentinin Bakterilerde Çözünür Formda Üretimine Yönelik Proses Geliştirilmesi”, HÜ-BAP-FBA-2021-18857, Yürütücü, 10/03/2021-12/09/2022.
  •  “Ortopedik İmplant Kaynaklı Enfeksiyon Etkeni olan Staphylococcus epidermidis’e Özgü Aptamer Geliştirilmesi ve Aptamerin Biyofilm Oluşumuna Etkisinin in vitro Koşullarda İncelenmesi”, TÜBİTAK Proje No: 118Z798, Araştırmacı, 01/03/2019-01/03/2022.
  • "Sitokin Fırtınasının Teşhisine Yönelik Rekombinant anti-TNF ve anti-IL6 Antikor Fragmentlerinin Üretimi ve Genetik Modifikasyonu", TÜBİTAK Proje No: 121M179, Danışman, 01/07/2021-01/07/2022.

Tamamlanan Projeler

•    “Tıbbi tanıya yönelik ve osteosarkoma özgü aptamerin hücre-SELEX yöntemi ile geliştirilmesi”, HÜ-BAP- FHD-2018-17245, Yürütücü, 08/2018–07/2019, Bütçe: 30 000 TL.
•    “Rekombinant Bacillus megaterium ile Biyopolimer Üretimi ve Karakterizasyonu”, HÜ-BAP-FBB-2016-11851, Yürütücü, 11/2016–06/2019, Bütçe: 145 000 TL.
•    “Fonksiyonel Gruplu Formda Manyetik Silika Mikrokürelerin Sentezi ve Biyoteknolojik Uygulama Performanslarının Belirlenmesi”, TÜBİTAK Proje No: 115M615, Danışman, 01/10/2015- 01/04/2017.  
•    “Antimikrobiyal Polimerlerin Kompostlaştırma Veriminin Baskın Türler Kullanılarak Arttırılması”, TÜBİTAK Proje No: 114Y559, Araştırmacı, 01/05/2015 – 01/05/2017. Bütçe: 240 000 TL.
•    “Biyoyakıt Sektörüne Yönelik Yeni Nesil Selülaz Enzimlerinin Rekombinant Escherichia coli Bakterisinde Üretimi”, TÜBİTAK Proje No: 114M133, Yürütücü, 15/11/2014 - 15/02/2016. Bütçe: 60 000 TL.
•    “Development of Glyco-Phage Arrays as a Novel High-Throughput Method for Glycomics”, Avrupa Birliği Proje No: FP7-PEOPLE-2012-CIG-322096, Kariyer Projesi Lideri ve Bursiyeri, 01/10/2012 – 30/09/2016. Bütçe: 100 000 Euro.

Yayınlar

A. SCI Indeks’te Taranan Dergilerde Basılan Makaleler

•    Tsogtbaatar K., Sousa D.A., Ferreira D., Tevlek A., Aydın H.M., Çelik E., Rodrigues L., 2022. In vitro selection of DNA aptamers against human osteosarcoma. Investigational New Drugs, 40(1): 172-181.

•    Koçer İ., Cox E.C., DeLisa M.P., Çelik E., 2021. Effects of variable domain orientation on anti-HER2 single-chain variable fragment antibody expressed in the Escherichia coli cytoplasm. Biotechnology Progress, 37(2), e3102.

•    Akdoğan M., Çelik E., 2021. Enhanced production of poly(3-hydroxybutyrate-co-3-hydroxyvalerate) biopolymer by recombinant Bacillus megaterium in fed-batch bioreactors. Bioprocess and Biosystems Engineering, 44(2): 403-416.

•    Altun E., Çelik E., Yavuz Ersan H., 2020. Tailoring the Microbial Community for Improving the Biodegradation of Chitosan Films in Composting Environment, Journal of Polymers and the Environment, 28:1548–1559.

•    Yıldırım D, Kip Ç, Tsogtbaatar K, Koçer İ, Çelik E, Tuncel A, 2020. Microfluidic immobilized metal affinity chromatography based on Ti(IV)-decorated silica microspheres for purification of phosphoproteins. Journal of Chromatography B, 1140: 122010.

•    Gökçal B, Kip Ç, Şahinbaş D, Çelik E, Tuncel A, 2020. Silica microspheres functionalized with the iminodiacetic acid/copper(II) complex as a peroxidase mimic for use in metal affinity chromatography-based colorimetric determination of histidine-tagged proteins. Microchimica Acta, 187:121.

•    Kip Ç, Babacan-Tosun R, Alpaslan S, Koçer I, Çelik E, Tuncel A, 2019. Ni(II)-decorated porous titania microspheres as a stationary phase for column chromatography applications: Highly selective purification of hemoglobin from human blood. Talanta, 200, 100-106.

•    Kip Ç, Gülüşür H, Çelik E, Usta DD, Tuncel A, 2019. Isolation of RNA and beta-NAD by phenylboronic acid functionalized, monodisperse-porous silica microspheres as sorbent in batch and microfluidic boronate affinity systems. Colloids and Surfaces B: Biointerfaces, 174, 333-342.

•    Akdoğan M, Çelik E, 2018. Purification and characterization of polyhydroxyalkanoate (PHA) from Bacillus megaterium strain using various dehydration techniques. Journal of Chemical Technology & Biotechnology. 93, 8, 2018, 2292-2298.

•    Salimi K, Usta DD, Koçer I, Çelik E, Tuncel A, 2018. Protein A and protein A/G coupled magnetic SiO2 microspheres for affinity purification of immunoglobulin G. International Journal of Biological Macromolecules. 111, 2018, 178-185.

•    Salimi K, Usta DD, Koçer I, Çelik E, Tuncel A, 2017. Highly selective magnetic affinity purification of histidine-tagged proteins by Ni2+ carrying monodisperse composite microspheres. RSC Advances, 7, 8718-8726.

•    Yıldırım Z, Çelik E, 2017. Periplasmic and extracellular production of cellulase from recombinant Escherichia coli cells. Journal of Chemical Technology & Biotechnology, 92, 2, 319-324.

B. Ulusal ve Uluslararası bilimsel toplantılarda sunulan ve bildiri kitabında (Proceeding) basılan bildiriler

•    Koçer İ., Şahinbaş D, Cilasun S. Çelik E., 5-7/03/2020. Production of ScFv Antibody Fragments and Their Applications. International Biotechnology Congress (BIOTürkiye-2020), İstanbul, Türkiye, Abstract Book, P39 (sözlü sunum).

•    Çağdaş-Tunalı, B., Çelik E., Türk M., 17-20/10/2019. Development of hyaluronic acid-polyethylenimine delivery system for gene silencing in cancer treatment. 24th International Biomedical Science & Technology Symposium (BIOMED 2019), İzmir, Türkiye, Abstract Book, p78.

•    Altun, E., Çelik E., Yavuz Ersan H., 2-4/5/2018. Biodegradation Behavior of Two Different Chitosan Films under Controlled Composting Environment, Eurasia 2018 Waste Management Symposium, YTU Davutpaşa Kongre Merkezi, İstanbul, p804-808.  

•    Çağdaş-Tunalı, B., Çelik E., Türk M., 12-14/5/2017. Hyaluronic acid-polyethylenimine delivery system for gene silencing, 22nd International Biomedical Science & Technology Symposium (BIOMED 2017), Ankara, Türkiye, Abstract Book p065. (poster)

•    Çelik E. 5-7/10/2016. Glycophage based arrays as an alternative biosensor for pathogen detection. 3rd International Congress on Biosensors, Ankara, Türkiye, Özet kitabı OP0210.

•    Yıldırım Z., Çelik E. 23-26/8/2016. Rekombinant selülazın glikoprotein yapısında Escherichia coli bakterisinde üretimi. 12. Ulusal Kimya Mühendisliği Kongresi (UKMK2016). İzmir, Türkiye. Özet Kitabı s15 (sözlü sunum).

•     Altun E., Çelik E., Yavuz Ersan H. 23-26/8/2016. Kitosan filmlerin kontrollü kompost reaktörlerinde degredasyonu mekanizmasının incelenmesi. 12. Ulusal Kimya Mühendisliği Kongresi (UKMK2016). İzmir, Türkiye, Özet Kitabı s258.

•    Akdogan M., Çelik E. 26-29/9/2016. Production and characterization of poly-3-hydroxybutyrate (PHB) under different dehydration techniques by Bacillus megaterium strain. 15th International Symposium on Biopolymers (ISBP2016), Madrid, Spain. Abstract Book p58. (poster)

•    Çelik E., 3-6/7/2016. Production of glycosylated recombinant proteins and phage particles in Escherichia coli. 17th European Congress on Biotechnology (ECB2016), Krakow, Poland. New Biotechnology 33, S44. (sözlü sunum)

•    Usta D.D., Salimi K., Koçer I., Çelik E., Tuncel A., 19-24/6/2016. A New Magnetic-silica Based Sorbent for Isolation of Green Fluorescent Protein by Immobilized Metal Affinity Chromatography. 44th International Symposium & Exhibit on High Performance Liquid Phase Separations and Related Techniques (HPLC2016), San Francisco, USA. Abstract Book. (# P-Th-2432)

C.    Uluslararası kitaplar veya kitaplarda bölümler

Gündüz Ergün B., Hüccetoğulları D., Öztürk S., Çelik E., Çalık P., 2019. Established and Upcoming Yeast Expression Systems. In: Gasser B., Mattanovich D. (eds), Recombinant Protein Production in Yeast. Methods in Molecular Biology, vol 1923, 1-74, Humana Press, New

 

Bağlantılar