Genetik Varyasyon ve Adaptasyon Laboratuvarı (GenVA Lab)

Hakkında

GenVA laboratuvarı genetik çalışmalarda önemli bir model olan Drosophila türlerinde adaptasyon mekanizmaları ile ilgilenir. Araştırmalarımız, doğal popülasyonların kapsamlı örneklenmesi ve genomik seviye karakterizasyonları ile laboratuvara dayalı klasik deneyleri birleştirmektedir. Başlıca çalışma alanlarımızdan biri ise doğal popülasyonların mekânsal ve zamansal olarak değişen iklime ve iklimle ilişkili faktörlere tepki olarak nasıl adaptif bir şekilde evrimleştiğidir.

Araştırma Olanakları

•    İklimlendirme dolapları
•    Soğutmalı etüvler
•    -20°C, -80°C derin dondurucu
•    +4°C , +8°C soğutucu dolaplar
•    PCR kabin
•    PCR cihazı
•    Vorteks
•    Elektroforez tank ve güç kaynağı
•    Transillüminatör (Mavi Işık)
•    Hassas terazi
•    Mikrosantrifüj
•    Nanospektofotometre
•    Entegre kameralı stereo mikroskop
•    Stereo mikroskop
•    CO2 bayıltma istasyonu

Araştırmacılar

    Dr. Öğr. Üyesi Banu Şebnem Önder
•    Şenel Selin Şenkal (Doktora Öğrencisi)
•    Ece Nur Özalp (Yüksek Lisans Öğrencisi)

Devam Eden Projeler

•    “Drosophila melanogaster’de kromozomal inversiyonların coğrafi varyasyon temelinin tuzluluk ve kuraklık bakımından farklı bölge populasyonlarında araştırılması”. TÜBİTAK 1002 Projesi (2021-2022).
•    “Phenotyping and Functional Genetics.” European Drosophila Population Genomics Consortium (DrosEU) (2018 - 2022). (https://www.droseu.net/)
•    “Clinal and Seasonal Variation.” European Drosophila Population Genomics Consortium (DrosEU) (2015 - 2025). European Society for Evolutionary Biology (ESEB) Special Topics Network (STN).

Tamamlanan Projeler

•    “Drosophila melanogaster’de kromozom inversiyonlarının mevsimsel fenotipik varyasyonlara etkisi”. TÜBİTAK 1001 Projesi (2017-2019).
•    “Latitudinal, seasonal, and year-to-year changes in genome, transcriptome, and life history traits variation in Drosophila melanogaster populations.” TÜBİTAK - RFBR İkili İşbirliği Projesi (2015-2017).

Yayınlar

•    Kapun, M., Nunez, J.C.B., Bogaerts-Marquez, M., Murga-Moreno, J., Paris, M., Outten, J., Coronado-Zamora, M., Tern, C.,  Rota-Stabelli, O., Garcia Guerreiro, M.P.P., Casillas, S., Orengo, D.J., Puerma, E., Kankare, M., Ometto, L., Loeschcke, V., Onder, B.S., Abbott, J.K., Schaeffer, S.W., Rajpurohit, S., Behrman, E.L., Schou, M.F., Merritt, T.J.S., Lazzaro, B.P.B., Glaser-Schmitt, A., Argyridou, E., Staubach, F., Wang, Y., Tauber, E., Serga, S.V., Fabian, D.K., Dyer, K.A., Wheat, C.W., Parsch, J., Grath, S., Veselinovic, M.S., Stamenkovic-Radak, M., Jelic, M., Buendia-Ruiz, A.J., Gomez-Julian, J., Espinosa-Jimenez, L., Gallardo-Jimenez, F.D., Patenkovic, A., Eric, K., Tanaskovic, M., Ullastres, A., Guio, L., Merenciano, M., Guirao-Rico, S., Horvath, V., Obbard, D.J., Pasyukova, E., Alatortsev, V.E., Vieira, C.P., Vieira, J., Torres, J.R., Kozeretska, I., Maistrenko, O.M., Montchamp-Moreau, C., Mukha, D.V., Machado, H.E., Paulo, T.F., Barbadilla, A., Petrov, D., Schmidt, P., Gonzalez, J., Flatt,  T., Bergland, A.O., (2021). Drosophila Evolution over Space and Time (DEST) - A New Population Genomics Resource, bioRxiv.
•    Wallace, M.A., Coffman, K.A., Gilbert, C., Ravindran, S., Albery, G.F., Abbott, J., Argyridou, E., Bellosta, P., Betancourt, A.J., Colinet, H., Eric, K., Glaser-Schmitt, A., Grath, S., Jelic, M., Kankare, M., Kozeretska, I., Loeschcke, V., Montchamp-Moreau, C., Ometto, L., Onder, B.S., Orengo, D.J., Parsch, J., Pascual, M., Patenkovic, A., Puerma, E., Ritchie, M.G., Rota-Stabelli, O., Schou, M.F., Serga, S.V., Stamenkovic-Radak, M., Tanaskovic, M., Veselinovic, M.S., Vieira, J., Vieira, C.P., Kapun, M., Flatt, T., González, J., Staubach, F., Obbard, D.J. (2021). The discovery, distribution and diversity of DNA viruses associated with Drosophila melanogaster in Europe, Virus Evolution, veab031.
•    Kapun, M., Barrón, M.G., Staubach, F., Obbard, D. J., Wiberg, R.A.W., Vieira, J., Goubert, C., Rota‐Stabelli, O., Kankare, M., Bogaerts‐Márquez, M., Haudry, A., Waidele, L., Kozeretska, I., Pasyukova, E.G., Loeschcke, V., Pascual, M., Vieira, C.P., Serga, S., Montchamp‐Moreau, C., Abbott, J., Gibert, P., Porcelli, D., Posnien, N., Grath, S., Sucena, É., Bergland, A.O., Pilar, M., Guerreiro, G., Onder, B.S., Argyridou, E., Guio, L., Schou, M.F., Deplancke, B., Vieira, C., Ritchie, M.G.,  Zwaan, B.J., Tauber, E., Orengo, D.J., Puerma, E., Aguadé, M., Schmidt, P.S., Parsch, J., Betancourt, A.J., Flatt, T., González, J. (2020). Genomic analysis of European Drosophila melanogaster populations reveals longitudinal structure, continent‐wide selection, and previously unknown DNA viruses. Molecular Biology and Evolution, 9, 2661– 2678.
•    Ayhan, N., Güler, P., Önder, B.Ş. (2017). Lipocalin genes expression varied in developmental stages by larval nutritional stress in Drosophila, Turkish Journal of Biology, 10.3906/biy-1604-35.
•    Ayhan, N., Güler, P., Önder, B.Ş. (2016). Altitudinal variation in lifespan of Drosophila melanogaster populations from the Firtina Valley, northeastern Turkey, Journal of Thermal Biology, 61, 91-97.
•    Orhan, A., Aslantaş, R., Önder, B.Ş., Tozlu, G. (2016). First record of the invasive vinegar fly Drosophila suzukii (Matsumura) (Diptera: Drosophilidae) from eastern Turkey, Turkish Journal of Zoology, 40: 290-293.

Bağlantılar

Resmi Web Adresi
genvalab.org

Hakkında

GenVA laboratuvarı genetik çalışmalarda önemli bir model olan Drosophila türlerinde adaptasyon mekanizmaları ile ilgilenir. Araştırmalarımız, doğal popülasyonların kapsamlı örneklenmesi ve genomik seviye karakterizasyonları ile laboratuvara dayalı klasik deneyleri birleştirmektedir. Başlıca çalışma alanlarımızdan biri ise doğal popülasyonların mekânsal ve zamansal olarak değişen iklime ve iklimle ilişkili faktörlere tepki olarak nasıl adaptif bir şekilde evrimleştiğidir.

Araştırma Olanakları

•    İklimlendirme dolapları
•    Soğutmalı etüvler
•    -20°C, -80°C derin dondurucu
•    +4°C , +8°C soğutucu dolaplar
•    PCR kabin
•    PCR cihazı
•    Vorteks
•    Elektroforez tank ve güç kaynağı
•    Transillüminatör (Mavi Işık)
•    Hassas terazi
•    Mikrosantrifüj
•    Nanospektofotometre
•    Entegre kameralı stereo mikroskop
•    Stereo mikroskop
•    CO2 bayıltma istasyonu

Araştırmacılar

    Dr. Öğr. Üyesi Banu Şebnem Önder
•    Şenel Selin Şenkal (Doktora Öğrencisi)
•    Ece Nur Özalp (Yüksek Lisans Öğrencisi)

Devam Eden Projeler

•    “Drosophila melanogaster’de kromozomal inversiyonların coğrafi varyasyon temelinin tuzluluk ve kuraklık bakımından farklı bölge populasyonlarında araştırılması”. TÜBİTAK 1002 Projesi (2021-2022).
•    “Phenotyping and Functional Genetics.” European Drosophila Population Genomics Consortium (DrosEU) (2018 - 2022). (https://www.droseu.net/)
•    “Clinal and Seasonal Variation.” European Drosophila Population Genomics Consortium (DrosEU) (2015 - 2025). European Society for Evolutionary Biology (ESEB) Special Topics Network (STN).

Tamamlanan Projeler

•    “Drosophila melanogaster’de kromozom inversiyonlarının mevsimsel fenotipik varyasyonlara etkisi”. TÜBİTAK 1001 Projesi (2017-2019).
•    “Latitudinal, seasonal, and year-to-year changes in genome, transcriptome, and life history traits variation in Drosophila melanogaster populations.” TÜBİTAK - RFBR İkili İşbirliği Projesi (2015-2017).

Yayınlar

•    Kapun, M., Nunez, J.C.B., Bogaerts-Marquez, M., Murga-Moreno, J., Paris, M., Outten, J., Coronado-Zamora, M., Tern, C.,  Rota-Stabelli, O., Garcia Guerreiro, M.P.P., Casillas, S., Orengo, D.J., Puerma, E., Kankare, M., Ometto, L., Loeschcke, V., Onder, B.S., Abbott, J.K., Schaeffer, S.W., Rajpurohit, S., Behrman, E.L., Schou, M.F., Merritt, T.J.S., Lazzaro, B.P.B., Glaser-Schmitt, A., Argyridou, E., Staubach, F., Wang, Y., Tauber, E., Serga, S.V., Fabian, D.K., Dyer, K.A., Wheat, C.W., Parsch, J., Grath, S., Veselinovic, M.S., Stamenkovic-Radak, M., Jelic, M., Buendia-Ruiz, A.J., Gomez-Julian, J., Espinosa-Jimenez, L., Gallardo-Jimenez, F.D., Patenkovic, A., Eric, K., Tanaskovic, M., Ullastres, A., Guio, L., Merenciano, M., Guirao-Rico, S., Horvath, V., Obbard, D.J., Pasyukova, E., Alatortsev, V.E., Vieira, C.P., Vieira, J., Torres, J.R., Kozeretska, I., Maistrenko, O.M., Montchamp-Moreau, C., Mukha, D.V., Machado, H.E., Paulo, T.F., Barbadilla, A., Petrov, D., Schmidt, P., Gonzalez, J., Flatt,  T., Bergland, A.O., (2021). Drosophila Evolution over Space and Time (DEST) - A New Population Genomics Resource, bioRxiv.
•    Wallace, M.A., Coffman, K.A., Gilbert, C., Ravindran, S., Albery, G.F., Abbott, J., Argyridou, E., Bellosta, P., Betancourt, A.J., Colinet, H., Eric, K., Glaser-Schmitt, A., Grath, S., Jelic, M., Kankare, M., Kozeretska, I., Loeschcke, V., Montchamp-Moreau, C., Ometto, L., Onder, B.S., Orengo, D.J., Parsch, J., Pascual, M., Patenkovic, A., Puerma, E., Ritchie, M.G., Rota-Stabelli, O., Schou, M.F., Serga, S.V., Stamenkovic-Radak, M., Tanaskovic, M., Veselinovic, M.S., Vieira, J., Vieira, C.P., Kapun, M., Flatt, T., González, J., Staubach, F., Obbard, D.J. (2021). The discovery, distribution and diversity of DNA viruses associated with Drosophila melanogaster in Europe, Virus Evolution, veab031.
•    Kapun, M., Barrón, M.G., Staubach, F., Obbard, D. J., Wiberg, R.A.W., Vieira, J., Goubert, C., Rota‐Stabelli, O., Kankare, M., Bogaerts‐Márquez, M., Haudry, A., Waidele, L., Kozeretska, I., Pasyukova, E.G., Loeschcke, V., Pascual, M., Vieira, C.P., Serga, S., Montchamp‐Moreau, C., Abbott, J., Gibert, P., Porcelli, D., Posnien, N., Grath, S., Sucena, É., Bergland, A.O., Pilar, M., Guerreiro, G., Onder, B.S., Argyridou, E., Guio, L., Schou, M.F., Deplancke, B., Vieira, C., Ritchie, M.G.,  Zwaan, B.J., Tauber, E., Orengo, D.J., Puerma, E., Aguadé, M., Schmidt, P.S., Parsch, J., Betancourt, A.J., Flatt, T., González, J. (2020). Genomic analysis of European Drosophila melanogaster populations reveals longitudinal structure, continent‐wide selection, and previously unknown DNA viruses. Molecular Biology and Evolution, 9, 2661– 2678.
•    Ayhan, N., Güler, P., Önder, B.Ş. (2017). Lipocalin genes expression varied in developmental stages by larval nutritional stress in Drosophila, Turkish Journal of Biology, 10.3906/biy-1604-35.
•    Ayhan, N., Güler, P., Önder, B.Ş. (2016). Altitudinal variation in lifespan of Drosophila melanogaster populations from the Firtina Valley, northeastern Turkey, Journal of Thermal Biology, 61, 91-97.
•    Orhan, A., Aslantaş, R., Önder, B.Ş., Tozlu, G. (2016). First record of the invasive vinegar fly Drosophila suzukii (Matsumura) (Diptera: Drosophilidae) from eastern Turkey, Turkish Journal of Zoology, 40: 290-293.

Bağlantılar

Resmi Web Adresi
genvalab.org