Moleküler dinamik (MD) yöntemlerini kullanarak membran kanallarında iyon taşınmasının incelenmesi. Kristal ve/veya basitleştirilmiş (homolog) yapılar (örn. Potasyum, sodyum ve gramisidin kanalları) kullanarak iyon kanallarının modellenmesi. Çoklu iyon kanallarında geçirgenlik mekanizmaları. Yapı-fonksiyon ilişkileri.
• İş istasyonu
• Sunucu
• Masaüstü bilgisayar
• Prof. Dr. Turgut Baştuğ
• Prof. Dr. Barış Bağcı
• Dr. Murat Çavuş
• Ali Osman Acar
• Barkay Arslan
• 119F016 TÜBİTAK Projesi. Biyomoleküler Sistemler İçin Denge Durumu Gerektirmeyen Nümerik Serbest Enerji Hesabı Metotlarının Geliştirilmesi ve Uygulaması
• 115Z505 TÜBİTAK Projesi. Sodyum Kanallarına (Nav1) Toksin Bağlanmasının Moleküler Modellemesi
• Energetics of ion conduction in the NavMs channel, Korpe, E.; Acar, A. O.; Cavus, M.; et al. EUROPEAN BIOPHYSICS JOURNAL WITH BIOPHYSICS LETTERS Volume: 46 Supplement: 1 Pages: S266-S266 Meeting Abstract: P-586 Published: JUL 2017
• Molecular Modeling of Mammalian Na(v)1.4 Channel, Acar, Ali O.; Korpe, Esra; Cavus, Murat; et al. BIOPHYSICAL JOURNAL Volume: 112 Issue: 3 Supplement: 1 Pages: 106A-107A Meeting Abstract: 532-Pos Published: FEB 3 2017
• Mechanism and Energetics of Ion and Tetrodotoxin Binding to NavMs Channel, Korpe, Esra; Acar, Ali Osman; Cavus, Murat; et al. BIOPHYSICAL JOURNAL Volume: 112 Issue: 3 Supplement: 1 Pages: 107A-107A Meeting Abstract: 533-Pos Published: FEB 3 2017