Hakkında
Sentetik Biyofiziksel Sistemler Laboratuvarı Araştırma Grubu 2021 yılında kurulmuştur. Omiks teknolojileri ve akıllı malzeme geliştirme üzerine çalışmalar yapmaktadır. Araştırma grubunun araştırma alanlarında içerisinde proteomik, lipidomik, metabolomik ve foodomik ile akıllı malzeme geliştirme alanlarında yoğun olarak çalışmaktadır. Kütle spektrometrisi temelli analiz metotları geliştirilmektedir.
Araştırma Olanakları
Kimya Laboratuvarı Genel Laboratuvar Araç Gereçleri ve Ekipmanları
- Pipet setleri
- Hassas terazi
- Ultra saf su sistemi
- Çoklu manyetik karıştırıcı
- Manyetik karıştırıcı
- Vorteks
- Derin dondurucu
- Azot evaporatör
- pHmetre
- Mantolu ısıtıcı
- Vakum manifold sistemi
- Minisantrifüj
Araştırmacılar
Prof. Dr. Ömür Çelikbıçak
Doktora Öğrencileri
Selinay Özel
Neslihan Zencirci
Yüksek Lisans Öğrencileri
Seçil Pektaş
Mustafa Özkurt
Lisans Öğrencileri
Berna Meydan
Malik Oğuz Arslanoğlu
Melis Ceren Hasanoğlu
Devam Eden Projeler
• Biyosidal Etkili Akıllı Malzeme ve Ürünlerin Geliştirilmesi (TÜBİTAK -2244 Sanayi Doktora Programı)
• Kanatlı Endüstri Ürünlerinde Salmonella Türleri ile Mücadele için Özgün Antibakteriyel Peptit Temelli Ürün Geliştirilmesi (Üniversite-Sanayi İş birliği, TÜBİTAK – TEYDEB)
• Türkiye'deki Başlıca Monofloral Bal Çeşitlerinin Proteomik ve Metabolomik Yaklaşımı İle İncelenmesi (TÜBİTAK – 1001)
• Türkiyedeki Bazı Monofloral Balların ve Bal Üzerinde Arı Irkı Etkilerinin GC-MS Temelli Metabolomik ve Foodomik Yaklaşım ile İncelenmesi
• Kordsa ve Aselsan ile birlikte Hacettepe Teknokent nezdinde yürütülen özel projeler
Tamamlanan Projeler
• Türkiye Doping Kontrol Merkezi'nin Yenilenmesi ve Akreditasyonu(2015)
• MALDI-MS ile Küçük Moleküllerin Kolay tayini için Yeni Analitik Yöntemlerin Geliştirilmesi (2016)
• Kalıcı Etkiye Sahip, Geniş Spektrumlu Nanoteknolojik Biyosidal Ürün Geliştirme. (Üniversite – Sanayi İş birliği, TÜBİTAK-TEYDEB)
• Fosfopeptitlerin Magnezyum İçeren Sol-jeller ile Zenginleştirilmesi ve MALDI-MS ile Tayini (2017)
• Yeni bir erken evre tümör belirtecinin moleküler baskılama ve LC-MS/MS kullanılarak geliştirilmesi (2019)
• Kanatlı Kümeslerinde Kırmızı Tavuk Biti Mücadelesinde Etkin Olarak Kullanılabilecek Kalıntı Bırakmayan Yeni Yöntem ve Ürünlerin Geliştirilmesi (Üniversite-Sanayi İş birliği, TÜBİTAK-TEYDEB)
• Gıdalardaki Biyojen Aminlerin Hızlı ve Hassas Tayini için Yeni Kütle Spektrometirk Yöntemlerin ve Analiz Kitlerinin Geliştirilmesi (BAP Projesi)
Yayınlar
- A. G. Kılıç, S. Malcı, Ö. Çelikbıçak, N. Şahiner, B. Salih, "Gold recovery onto poly(acrylamide- allylthiourea) hydrogels synthesized by treating with gamma radiation", Analytica Chimica Acta, 547(1), 18-25, 2005. DOI: 10.1016/j.aca.2005.03.042
- N. Şahiner, S. Malcı, Ö. Çelikbıçak, Ö. Kantoğlu, B. Salih, "Radiation synthesis and characterization of new hydrogels based on acrylamide copolymers cross-linked with 1-allyl-2-thiourea", Radiation Physics and Chemistry, 74(2), 76-85, 2005. DOI: 10.1016/j.radphyschem.2005.02.002
- N. Şahiner, Ö. Çelikbıçak, S. Malcı, Ö. Kantoğlu, B. Salih, "Characterization of poly(N(hydroxymethyl)methacrylamide-ATU) hydrogels synthesized by gamma radiation", Journal of Applied Polymer Science, 99(4), 1657-1664, 2006. DOI: 10.1002/app.22462
- S. Döker, Ö. Çelikbıçak, M. Doğan, B. Salih, "Recovery and pre-concentration of gold onto poly((N- (Hydroxymethyl)methacrylamide)-1-allyl-2-thiourea) hydrogels synthesized by gamma radiation", Microchemical Journal, 84(1-2), 80-87, 2006.
- B. Erdağ, K. B. Balcıoğlu, A. Kumbasar, Ö. Çelikbıçak, G. Zeder-Lutz, D. Altschuh, B. Salih and K. Baysal, "Novel short peptides isolated from phage display library inhibit vascular endothelial growth factor activity", Molecular Biotechnology, 35(1), 51-63, 2007.
- B. Salih, Ö. Çelikbıçak, S. Döker, M. Doğan, "Matrix elimination method for the determination of precious metals in ores using electrothermal atomic absorption spectrometry", Analytica Chimica Acta, 587(2), 272-280, 2007. DOI: 10.1016/j.aca.2007.01.063
- T. Ceyhan, A. Altındal, A. R. Özkaya, Ö. Çelikbıçak, B. Salih, M. K. Erbil, Ö. Bekaroğlu, "Synthesis, characterization and electrochemical properties of novel metal free and zinc(II) phthalocyanines of ball and clamshell types", Polyhedron, 26(15), 4239-4249, 2007.
- B. Gülbakan, C. Uzun, Ö. Çelikbıçak, O. Güven, B. Salih, "Solid phase extraction of organochlorine pesticides with modified poly (styrene-divinylbenzene) microbeads using home-made solid phase extraction syringes", Reactive & Functional Polymers, 68(2), 580-593, 2008.
- H. Aşkun, B. Gülbakan, Ö. Çelikbıçak, C. Uzun, O. Güven, B. Salih, "Preconcentration and matrix elimination for the determination of Pb(II), Cd(II), Ni(II), and Co(II)by 8-hydroxyquinoline anchored poly(styrene-divinylbenzene) microbeads", Journal of Applied Polymer Science, 107(4), 2714-2722, 2008. DOI: 10.1002/app.27326
- I.S. Gunes, C. Perez-Bolivar, G.A. Jimenez, Ö. Çelikbıçak, F. Y. Li, P. Anzenbacher Jr., C. Wesdemiotis S. C. Jana, "Analysis of energy transfer and ternary non-covalent filler/matrix/UV stabilizer interactions in carbon nanofiber and oxidized carbon nanofiber filled poly(methyl methacrylate) composites", Polymer, 52(23), 5355-5361, 2011. DOI: 10.1016/j.polymer.2011.09.011
- M. Atakay, Ö. Çelikbıçak, B. Salih, "Amine-Functionalized Sol-Gel-Based Lab-in-a-Pipet-Tip Approach for the Fast Enrichment and Specific Purification of Phosphopeptides in MALDI-MS Applications", Analytical Chemistry, 84(6), 2713-2720, 2012.
- B. Orhan, E. Büber, M. S. Keskin, Ö. Çelikbıçak, B. Salih, A. Alp, Z. Sarıbaş, A. H. Özen, N. L. Açan, "Therapeutic effects of Mycobacterium phlei cell wall extracts", Turkish Journal of Medical Sciences, 42(2), 193-199, 2012. DOI: 10.3906/sag-1010-1235
- Ö. Çelikbıçak, G. Demirel, E. Pişkin, B. Salih, "Small Molecule Analysis Using Laser Desorption Ionization Mass Spectrometry on Nano-Coated Silicon with Self-Assembled Monolayers", Analytica Chimica Acta, 729, 54-61, 2012. DOI: 10.1016/j.aca.2012.04.006
- Ö. Çelikbıçak, G. Kaynar, M. Atakay, Ü. Güler, H.M. Kayılı, B. Salih, "Specific enrichment and direct detection of phosphopeptides on insoluble transition metal oxide particles in matrix-assisted laser desorption/ionization mass spectrometry applications", European Journal of Mass Spectrometry, 19(3), 151-162, 2013. DOI: 10.1255/ejms.1228
- Ö. Çelikbıçak, M. Atakay, Ü. Güler, B. Salih, "A novel tantalum-based sol–gel packed microextraction syringe for highly specific enrichment of phosphopeptides in MALDI-MS applications", Analyst, 138(15), 4403-4410, 2013. DOI: 10.1039/c3an00021d
- H. Dündar, Ö. Çelikbıçak, B. Salih, T.F. Bozoğlu, “Large-scale purification of a bacteriocin produced by Leuconostoc mesenteroides subsp cremoris using diatomite calcium silicate” Turkish Journal of Biology, 38(5), 611-618, 2014.
- Ö. Çelikbıçak, M. Atakay, Ü. Güler, B. Salih “A Trypsin Immobilized Sol-Gel for Protein Indentification in MALDI-MS Applications”, Analytical Letters, 47(4), 707-719, 2014. DOI:10.1080/00032719.2013.831423
- G. Bayramoğlu, Ö. Çelikbıçak, M. Y. Arıca, B. Salih “Trypsin Immobilized on Magnetic Beads via Click Chemistry: Fast Proteolysis of Proteins in a Microbioreactor for MALDI-ToF-MS Peptide Analysis”, Industrial Engineering & Chemistry Research, 53(12), 4554–4564, 2014. DOI: 10.1021/ie5002235
- Ö. Çelikbıçak, B. Salih, C. Wesdemiotis, “Strong ionic interactions in noncovalent complexes between poly(ethyleneimine), a cationic electrolyte, and Cibacron Blue, a nucleotide mimic-implications for oligonucleotide vectors”, Journal of Mass Spectrometry, 49(7), 597-607, 2014. DOI:10.1002/jms.3379
- S. Tepe Çam, N. Seyhan, C. Kavaklı, Ö. Çelikbıçak, “Effects of 900 MHz Radiofrequency Radiation on Skin Hydroxyproline Contents”, Cell Biochemistry and Biophysics, 70(1), 643-649, 2014. DOI 10.1007/s12013-014-9968-6
- Ö. Çelikbıçak, G. Bayramoğlu, M. Yılmaz, G. Ersoy, N. Bıçak, B. Salih, M. Y. Arıca, “Immobilization of laccase on hairy polymer grafted zeolite particles: Degradation of a model dye and product analysis with MALDI-ToF-MS” Microporous and Mesoporous Materials, 199, 57-65, 2014. DOI: 10.1016/j.micromeso.2014.08.003.
- M. Kavruk, Ö. Çelikbıçak, V. C., Özalp, B. A. Borsa, F. J. Hernandes, G. Bayramoglu, B. Salih, M. Y. Arıca, “Antibiotic loaded nanocapsules functionalized with aptamer gates for targeted destruction of pathogens”. Chemical Communications, 51(40), 8492-8495, 2015. DOI: 10.1039/C5CC01869B
- H. Dündar, M. Atakay, Ö. Çelikbıçak, B. Salih, T.F. Bozoğlu, “Comparison of Two Methods for Purification of Enterocin B, A Bacteriocin Produced by Enterococcus Faecium W3” Preparative Biochemistry and Biotechnology, 45(8), 796-809, 2015. DOI: 10.1080/10826068.2014.958165.
- G. Bayramoğlu, M.Y. Arıca, G. Liman, Ö. Çelikbıçak, B. Salih, “Removal of bisphenol A from aqueous medium using molecularly surface imprinted microbeads”. Chemosphere, 150, 275-284, 2016. DOI: 10.1016/j.chemosphere.2016.02.040
- H. G. Akıllıoğlu, Ö. Çelikbıçak, B. Salih, V. Gökmen, “Monitoring protein glycation by electrospray ionization (ESI) quadrupole time-of-flight (Q-TOF) mass spectrometer”, Food Chemistry, 217, 65–73, 2017. DOI: 10.1016/j.foodchem.2016.08.088
- K. Salimi, D. D. Usta, Ö. Çelikbıçak, A. Pınar, B. Salih, A. Tuncel, “Ti(IV) carrying polydopamine- coated, monodisperse-porous SiO2 microspheres with stable magnetic properties for highly selective enrichment of phosphopeptides”, Colloids and Surfaces B: Biointerfaces, 153, 280-290, 2017. DOI: 10.1016/j.colsurfb.2017.02.028
- K. Salimi, D. D. Usta, Ö. Çelikbıçak, A. Pınar, B. Salih, A. Tuncel, “Highly selective enrichment of phosphopeptides by titanium (IV) attached monodisperse-porous poly(vinylphosphonic acid-co- ethylene dimethacrylate) microspheres”, Journal of Chromatography A, 1496, 9-19, 2017. DOI: 10.1016/j.chroma.2017.03.052
- Z. Ertürk, E. Büber, H. Özen, Ö. Çelikbıçak, B. Salih, N.L. Açan, “Mycobacterium Brumae Extract Fractions with Potential Immunotherapeutic Activity for Bladder Cancer”, Bulletin of Urooncology, 16(3), 70-76, 2017. DOI: 10.4274/uob.905
- M.Y. Arıca, B. Salih, Ö. Çelikbıçak, G. Bayramoğlu,” Immobilization of laccase on the fibrous polymer-grafted film and study of textile dye degradation by MALDI–ToF-MS”, Chemical Engineering Research and Design, 128, 107-119, 2017. DOI: 10.1016/j.cherd.2017.09.023
- C. Özenirler, N. Ecem-Bayram, Ö. Gencay-Çelemli, Ö. Çelikbıçak, K. Sorkun, “Chemical characterization of Kars Honey”, Fresenius Environmental Bulletin, 27(3), 1889-1895, 2018.
- M. Atakay, Ö. Çelikbıçak, B. Salih, “Use of Sulfonates as Desorption Agents for Phosphopeptide Elution From an Anion Exchange Material”, Analytical Letters, 51(5), 760-772, 2018. DOI:10.1080/00032719.2017.1355376
- C. Özenirler, Ö. Gencay Celemli, N. Ecem Bayram, F. Dikmen, G. Zare, Ö. Çelikbıçak, K. Sorkun, “Physicochemical and Palynological Characterization of the Onobrychis Miller (Fabaceae) Honey”, Gazi University Journal of Science, 32(1) 63-76, 2019. https://dergipark.org.tr/en/pub/gujs/issue/43586/429548
- K. Salimi, C. Kip, Ö. Çelikbıçak, D. D. Usta, A. Pınar, B. Salih, A. Tuncel, “Ti (IV) attached-phosphonic acid functionalized capillary monolith as a stationary phase for in-syringe-type fast and robust enrichment of phosphopeptides”, Biomedical Chromatography 33(6), e4488, 2019. DOI: 10.1002/bmc.4488
- E. Güzel, E. B. Orman, B. Köksoy, Ö. Çelikbıçak, M. Bulut, A. R. Özkaya, “Comparative Electrochemistry and Electrochromic Application of Novel Binuclear Double‐Decker Rare Earth Metal Phthalocyanines Bearing 4-(hydroxyethyl)phenoxy Moieties”, Journal of the Electrochemical Society 166 (10), H438-H451, 2019.
- K. Ö. Hamaloğlu, Ö. Çelikbıçak, B. Salih, E. Pişkin, “Performances of protein array platforms prepared by soft lithography and self-assemblying monolayers-approach by using SPR, ellipsometry and MALDI-MS”, Journal of Molecular Structure, 1198, 126856, 2019, DOI: 10.1016/j.molstruc.2019.07.103
- Ö. Çelikbıçak, K. Ö. Hamaloğlu, Bekir Salih & Erhan Pişkin, “Following hybridization on sensor/array platforms by using SPR, elipsometer and MALDI-MS”, Nucleosides, Nucleotides & Nucleic Acids, 39(7), 1057-1072, 2020. DOI: 10.1080/15257770.2020.1750635 (Q4- Güncel Etki Faktörü: 1,381)
- Ç. Kip, M. C. Demir, D. Yıldırım, K. Ö. Hamaloğlu, Ö. Çelikbıçak, A. Tuncel, “Highly Porous, Molecularly Imprinted Core–Shell Type Boronate Affinity Sorbent with a Large Surface Area for Enrichment and Detection of Sialic Acid Isomers. Journal of Inorganic and Organometallic Polymers and Materials, 31 (7), 2806-2817, 2021. DOI: 10.1007/s10904-021-01890-w
- Ö. Çelikbıçak, G. Bayramoğlu, İ. Açıkgöz-Erkaya, M. Y. Arıca, “Aggrandizement of uranium (VI) removal performance of Lentinus concinnus biomass by attachment of 2,5-diaminobenzenesulfonic acid ligand”. Journal of Radioanalytical and Nuclear Chemistry, 328(3), 1085-1098, 2021. DOI: 10.1007/s10967-021-07708-w
- G. Bayramoğlu, Ö. Çelikbıçak, M. Kılıç, M. Y. Arıca, “Immobilization of Candida rugosa lipase on magnetic chitosan beads and application in flavor esters synthesis”, Food Chemistry, 366, 130699, 2022. DOI: 10.1016/j.foodchem.2021.130699
- D. Sahingil, Y.Ö. Gokce, Ö. Çelikbıçak, A.A. Hayaloğlu, ACE-inhibitory activities of peptide fractions (< 3 kDa) and identification of peptide sequence by MALDI-ToF-MS in model cheeses incorporating different Lactobacillus species. Journal of Food Composition and Analysis, 2022, 110: 104579. DOI: 10.1016/j.jfca.2022.104579