Bakteriyoloji 1 Laboratuvarı, Tıbbi Mikrobiyoloji Anabilim Dalı bünyesinde yer alan bir araştırma laboratuvarıdır. Bakteriyoloji 1 Laboratuvarı, insanlarda hastalık yapan birçok patojenin tanımlanması, virülans özelliklerinin belirlenmesi, antimikrobiyal direncin saptanmasında çeşitli çalışmalar yürütmektedir.
Laboratuvarımızda Kistik Fibrozis hastalarında sık saptanan Pseudomonas aeruginosa izolatlarında virülans faktörlerinin ve biyofilm yapımının belirlenmesi, fenotipik ve genotipik olarak antimikrobiyal direncin tespit edilmesi konusunda kapsamlı bir proje yürütülmektedir. Bunun dışında gram negatif non-fermentatif bir patojen olan ve hastane enfeksiyonlarına yol açan Stenotrophomonas maltophilia izolatlarında antimikrobiyal direncin fenotipik ve genotipik olarak belirlenmesi konusunda kapsamlı bir proje yürütülmektedir.
Laboratuvarımızda özellikle Acinetobacter baumannii ve Pseudomonas aeruginosa gibi hayatı tehdit eden çok ilaca dirençli non-fermentatif bakterilerin yanı sıra Escherichia coli ve Klebsiella pneumoniae gibi hastane enfeksiyonlarında ilk sıralarda yer alan gram negatif enterik bakteriler çalışılmaktadır.
Laboratuvarımızda gram pozitif bakteriler arasında yer alan ve sıklıkla invaziv enfeksiyon etkenleri olarak karşımıza çıkan Streptococcus pneumoniae, Streptococcus pyogenes ve Streptococcus agalactiae ile ilgili çalışmaların yanı sıra Corynebacterium türleri ile ilgili yeni araştırmalar planlanmaktadır.
Bakteri 1 Laboratuvarında şu ana kadar ulusal ve uluslararası alanda yirmiden fazla proje yürütülmüş olup laboratuvarımız ilgili alanlarda lisans öğrencilerine staj imkanı sunmaktadır. Laboratuvarımız uzmanlık, yüksek lisans ve doktora tezlerinin projeye dönüştürülerek yürütülmesinde öğrencilere bilimsel destek vermektedir.
• Prof. Dr. Özgen Eser (Laboratuvar Sorumlusu)
• Öznur Gürpınar (Doktora öğrencisi)
• Tuğba Küçükbahar (Uzmanlık öğrencisi)
Kistik Fibrozis Hastalarında Pseudomonas aeruginosa İzolatlarının Analizi: Antibiyotik duyarlılık, direnç genleri, klonal analiz ve antibiyofilm etkinlik Proje Yürütücüsü: Özgen Eser, Projede yer alan araştırmacılar: Öznur Gürpınar, İştar Dolapçı, Alper Tekeli, Didem Kart, Deniz Doğru Ersöz, Ebru Yalçın, Uğur Özçelik, Nagehan Emiralioğlu, Beste Özsezen
Stenotrophomonas maltophilia’da antibiyotik direnci, virülans ve biyofilm özellikleri, Proje Yürütücüsü: Özgen Eser, Projede yer alan araştırmacılar: Öznur Gürpınar, Aybüke Özyar, Zeynep Ceren Karahan
Streptococcus pyogenes makrolid direncinin fenotipik analizi direnç ve virülans genleri biyofilm yapımı ve moleküler tiplendirilmesi Proje Yürütücüsü: Özgen Eser Projede yer alan araştırmacılar: Berke Kurumanastırlı, Öznur Gürpınar
Corynebacterium klinik izolatlarının fenotipik ve moleküler yöntemlerle tür düzeyinde tanımlanması ve farklı Corynebacterium türlerinde daptomisin ve vankomisin direncinin hızlı ortaya çıkışının değerlendirilmesi Projede yer alan araştırmacılar: Özgen Eser, Tuğba Küçükbahar, Öznur Gürpınar, Ekin Kırbaş
• Osteomyelit Modelinde Bor Nitrür Kaplanmış İmplantların Antibakteriyel Etkinliğinin İncelenmesi (Hızlı Destek Projesi)
• Projedeki Araştırmacılar: Ömür Çağlar (Yürütücü), Gaye Özgür Çakal, Bilgin Kaftanoğlu, Özgen Eser, Samet Işık, Mustafa Fevzi Sargon, Proje Süresi: 2018-2020
• Global Pneumococcal Sequencing Project (Uluslararası Proje), Projede Araştırmacılar: Stephen Bentley (Yürütücü), Lesley McGee (Yürütücü), Özgen Eser,…, Proje Süresi: 2014-2024
• Yatan hastaların idrar kültürlerinden izole edilen Klebsiella spp, Escherichia coli, Acinetobacter baumannii, Pseudomonas aeruginosa izolatlarının antibiyotik duyarlılıklarının in vitro yöntemlerle saptanması ve fosfomisine direnç mekanizmalarının araştırılması (Hızlı Destek Projesi), Projedeki Araştırmacılar: Gülşen Hazırolan (Yürütücü), Deniz Gür, Şeyma Nigiz, Özgen Eser, Proje Süresi: 2018- 2019
• Kistik fibrozisli hastalarda periodontal durum ve klinik immünolojik mikrobiyolojik verilerin değerlendirilmesi (Hızlı Destek Projesi), Projedeki Araştırmacılar: Emil Tuğba Ataman Duruel (Yürütücü), Fevzi İlhan Tezcan, Çağman Tan, Özgen Eser, Sanem Eşref, Onurcem Duruel, Proje Süresi 2018-2019
• Kinolon Dirençli ve Duyarlı İnvaziv Escherichia coli Kan İzolatlarında ST131 H30 Klon Subklonunun Virülans İle İlişkisi (Tübitak Projesi), Projedeki Araştırmacılar: Özgen Eser (Yürütücü), Öznur Gürpınar, Pınar Zarakolu, Gökhan Metan, Proje Süresi: 2017-2018
• İnvaziv Escherichia coli Kan İzolatlarında Karbapenemaz Varlığının İmmünokromatografik Yöntemle Hızlı Tanısı (Hızlı Destek Projesi), Projedeki Araştırmacılar: Özgen Eser (Yürütücü), Pınar Zarakolu Köşker, Öznur Gürpınar, Proje Süresi: 2017-2018
• Çok ilaca dirençli Acinetobacter baumannii izolatlarında tigesiklin duyarlılığı ve biyofilm varlığı (Hızlı Destek Projesi), Projedeki Araştırmacılar: Alper Ergin (Yürütücü), Özge Altınok, Özgen Eser, Proje Süresi: 2015-2017
• Levofloksasin profilaksisi alan hematolojik kanserli nötropenik hastalarda kinolon dirençli Escherichia coli sürveyansı (Hızlı Destek Projesi), Projedeki Araştırmacılar: Murat Akova (Yürütücü), Sezgin Etgül, Pınar Zarakolu, Özgen Eser, Proje Süresi: 2015-2016
• Gladstone RA, Siira L, Brynildsrud OB, Vestrheim DF, Turner P, Clarke SC, Srifuengfung S, Ford R, Lehmann D, Egorova E, Voropaeva E, Haraldsson G, Kristinsson KG, McGee L, Breiman RF, Bentley SD, Sheppard CL, Fry NK, Corander J, Toropainen M, Steens A; Global Pneumococcal Sequencing Consortium. International links between Streptococcus pneumoniae vaccine serotype 4 sequence type (ST) 801 in Northern European shipyard outbreaks of invasive pneumococcal disease. Vaccine. 2022 Feb 11;40(7):1054-1060.
• Nigiz Ş, Hazırolan G, Köseoglu Eser Ö, Gür D. First Detection of Klebsiella pneumoniae Isolate Co-Harboring Fosfomycin Resistance Gene fosA3 and blactx-m Among Gram Negative Urine Isolates in a Turkish Hospital. Microb Drug Resist. 2022 Mar;28(3):317-321.
• Ndlangisa KM, du Plessis M, Lo S, de Gouveia L, Chaguza C, Antonio M, Kwambana-Adams B, Cornick J, Everett DB, Dagan R, Hawkins PA, Beall B, Corso A, Grassi Almeida SC, Ochoa TJ, Obaro S, Shakoor S, Donkor ES, Gladstone RA, Ho PL, Paragi M, Doiphode S, Srifuengfung S, Ford R, Moïsi J, Saha SK, Bigogo G, Sigauque B, Eser ÖK, Elmdaghri N, Titov L, Turner P, Kumar KLR, Kandasamy R, Egorova E, Ip M, Breiman RF, Klugman KP, McGee L, Bentley SD, von Gottberg A, The Global Pneumococcal Sequencing Consortium. A Streptococcus pneumoniae lineage usually associated with pneumococcal conjugate vaccine (PCV) serotypes is the most common cause of serotype 35B invasive disease in South Africa, following routine use of PCV. Microb Genom. 2022 Apr;8(4).
• Zarakolu P, Eser ÖK, Otlu B, Gürpınar Ö, Özakın C, Akalın H, Köksal İ, Ünal S. In-vitro activity of fosfomycin against Escherichiacoli and Klebsiellapneumoniae bloodstream isolates and frequency of OXA-48, NDM, KPC, VIM, IMP types of carbapenemases in the carbapenem-resistant groups. J Chemother. 2022 Jul;34(4):235-240.
• D'Aeth JC, van der Linden MP, McGee L, de Lencastre H, Turner P, Song JH, Lo SW, Gladstone RA, Sá-Leão R, Ko KS, Hanage WP, Breiman RF, Beall B, Bentley SD, Croucher NJ; GPS Consortium. The role of interspecies recombination in the evolution of antibiotic-resistant pneumococci. Elife. 2021 Jul 14;10:e67113.
• Demirci-Duarte S., Unalan-Altintop T.,Koseoglu E.,Cakar A.,Altun B.,Sancak B.,Gur D., Prevalence of O25b-ST131 clone and fosfomycin resistance in urinary Escherichia coli isolates and their relation to CTX-M determinant., Diagnostic microbiology and infectious disease, cilt.98, ss.115098,2020
• Gladstone RA, Lo SW, Goater R, Yeats C, Taylor B, Hadfield J, Lees JA, Croucher NJ, van Tonder AJ, Bentley LJ, Quah FX, Blaschke AJ, Pershing NL, Byington CL, Balaji V, Hryniewicz W, Sigauque B, Ravikumar KL, Almeida SCG, Ochoa TJ, Ho PL, du Plessis M, Ndlangisa KM, Cornick JE, Kwambana-Adams B, Benisty R, Nzenze SA, Madhi SA, Hawkins PA, Pollard AJ, Everett DB, Antonio M, Dagan R, Klugman KP, von Gottberg A, Metcalf BJ, Li Y, Beall BW, McGee L, Breiman RF, Aanensen DM, Bentley SD; The Global Pneumococcal Sequencing Consortium., Visualizing variation within Global Pneumococcal Sequence Clusters (GPSCs) and country population snapshots to contextualize pneumococcal isolates., Microb Genom. 2020 May;6(5):e000357.
• Duruel O., Berker E., Özşin-Özler C., Gharibzadeh-Hızal M., Gürpınar Ö., Eryılmaz-Polat S., Ataman-Duruel E., Tan Ç.,Karabulut E., Tekçiçek M.,et al., Levels of pro- and anti-inflammatory cytokines in cystic fibrosis patients with or without gingivitis., Cytokine, cilt.127, ss.154987,2020
• Altınok Ö., Boral B., Ergin A., Eser Ö., Existence of Biofilm and Biofilm-Associated Virulence Genes inMulti-Drug Resistant Invasive Acinetobacter baumannii isolates., Mikrobiyoloji Bulteni, cilt.54, ss.40-49,2020
• LoS., GladstoneR., VanT.,DuP., CornickJ., HawkinsP., MadhiS., NzenzeS., KandasamyR., RavikumarK.,etal., A mosaic tetracycline resistance gene tet(S/M) detected in an MDR pneumococcal CC230 lineage that underwent capsular switching in South Africa., Journal of Antimicrobial Chemotherapy, 2019
• Aydogan T., Gurpinar Ö., Eser Ö., Mathyk B., Ergen A., A new look at the etiology of interstitial cystitis/bladder pain syndrome: extraordinary cultivations, International Urology and Nephrology, cilt.51, ss.1961-1967,2019
• Boral B., Unaldi Ö., Ergin A., Durmaz R., Eser Ö., A prospective multicenter study on the evaluation of antimicrobial resistance and molecular epidemiology ofmultidrug-resistant Acinetobacter baumanni infections in intensive care units with clinical and environmental features., Annals of Clinical Microbiology and Antimicrobials, cilt.18, ss.19,2019
• Lo S., Gladstone R., Van T., Lees J., Du P., Benisty R., Givon-Lavi N., Hawkins P.,Cornick J., Kwambana-Adams B.,et al., Pneumococcal lineages associated with serotype replacement and antibiotic resistance in childhood invasive pneumococcal disease in the post-PCV13 era: an internationalwhole-genome sequencing study., The Lancet Infectious Diseases, cilt.19, ss.759-769,2019
• Van T., Gladstone R.,Lo S.,Nahm M.,Du P.,Cornick J.,KwambanaAdams B.,Madhi S.,Hawkins P.,Benisty R.,et al., Putative novel cps loci in a large global col ection of pneumococci., Microbial genomics, cilt.5,2019
• Gladstone R., Lo S., Lees J.,Croucher N., Van T., Corander J., Page A., Martinen P., Bentley L., Ochoa T., et al., International genomic definition of pneumococcal lineages, to contextualise disease, antibiotic resistance and vaccine impact., EBio Medicine, cilt.43, ss.338-346,2019
• Epping L., Van T., Gladstone R., The G., Bentley S., Page A., Keane J., SeroBA: rapid high-throughput serotyping of Streptococcus pneumoniae fromwhole genome sequence data., Microbial genomics, cilt.4,2018 12.
• LoS., GladstoneR., VanT., Hawkins P., KwambanaAdams B.,CornickJ., MadhiS., NzenzeS., DuP., Kandasamy R., et al., Global Distribution of Invasive Serotype 35D Streptococcus pneumoniae Isolates following Introduction of 13-Valent Pneumococcal Conjugate Vaccine., Journal Clinical Microbiology, cilt.56,2018
• Suzuk Yıldız S., Simsek H., Coplu N, Gulay Z, Uamdss C.G., National Antimicrobial Resistance Surveilance System (NAMRSS) external quality assessment studies: 2011-2016., Mikrobiyoloji Bulteni, cilt.51, ss.247-259,2017
• Metan G., Ilbay A., Eser O.K., Ünal S., Zarakolu P., A Silent Epidemic of Colistin- and Carbapenem-Resistant Enterobacteriaceae at a Turkish University Hospital Infection Control and Hospital Epidemiology, cilt.38, ss.254-257,2017
• Zarakolu P., Eser O.K., Aladag E., Al-Zahranı I.A., Day K.M., Atmaca O., Boral B., Çakır B., Perry J.D., Akova M., Epidemiology of carbapenem-resistant Klebsiel a pneumoniae colonization: a surveil ance study at a Turkish university hospital from2009 to 2013, Diagnositc Microbiology and Infectious Disease, cilt.85, ss.466-470,2016
• Bakteriyel Biyofilmler. Özge Altınok, Öznur Gürpınar, Özgen Eser. Özge ALTINOK, Öznur GÜRPINAR, Özgen ESER. Tıp Fakültesi Klinikleri Dergisi, 2018; Cilt1, Sayı 2, 45 – 51.
• Kistik fibrozis periodontal hastalık ilişkisinin klinik ve mikrobiyolojik olarak değerlendirilmesi. Onurcem Duruel, Ezel Berker, Cansu Özşin Özler, Mina Gharibzadeh-Hızal, Öznur Gürpınar, Sanem Eryılmaz-Polat, Emel Tuğba Ataman-Duruel, Meryem Tekçiçek, Özgen Eser, Nural Kiper. Klimud 2019 Kongresi. Poster Bildirisi.
• İnvaziv ve noninvaziv Acinetobacter baumannii klinik izolatlarında biyofilm yapımı ve virülans ilişkisi. Öznur Gürpınar, Alper Ergin, Pınar Zarakolu, Özgen Eser. TMC 2018 Kongresi. Sözlü Bildiri.
• Peynir Üretim Aşamalarından Elde Edilmiş Enterobacteriaceae İzolatlarında Antibiyotik Direnç Genlerinin Varlığı ve Isısal Direnç. Seda Özdikmenli Tepeli, Özgen Eser, Öznur Gürpınar, Yeşim Beşli, Nükhet Nilüfer Zorba. TMC 2018 Kongresi. Sözlü Bildiri.
• İnterstisyel Sistit Etiyolojisinde Kapsamlı Mikrobiyolojik Tanının Rolü: İleriye Dönük Bir Vaka-Kontrol Çalışması. Tahsin Batuhan Aydoğan, Öznur Gürpınar, Özgen Eser, Ali Ergen. Ankem 2018 Kongresi. Sözlü Bildiri.
• Kinolon dirençli ve duyarlı invaziv Escherichia coli kan izolatlarında ST131/H30 Klon/Subklonunun virulans ile ilişkisi. Öznur Gürpınar, Ahmet İlbay, Gökhan Metan, Pınar Zarakolu, Özgen Köseoğlu Eser. Klimud 2017 Kongresi. Sözlü Bildiri.
• İnvaziv Escherichia coli kan izolatlarında karbapenemaz varlığının hızlı tanısı. Öznur Gürpınar, Pınar Zarakolu, Özgen Köseoğlu Eser. Poster Bildirisi.
• Kan yolu enfeksiyonlarından izole edilen Escherichia coli’lerde karbapenem direnç genleri ve ST131/H30 varlığı. Öznur Gürpınar, Ahmet İlbay, Gökhan Metan, Pınar Zarakolu, Özgen Köseoğlu Eser. TMC 2016 Kongresi. Sözlü Bildiri.
• Çok ilaca dirençli Acinetobacter baumannii izolatlarında tigesiklin duyarlılığı. TMC 2016 Kongresi. Poster Bildirisi. Öznur Gürpınar, Barış Boral, Alper Ergin, Özgen Köseoğlu Eser.