Laboratuvarımızda farklı moleküler mikrobiyolojik yöntemler kullanılarak klinik örneklerden mikroorganizmaların saptanması, tiplendirilmesi, ilaç direncine neden olan mutasyonların belirlenmesi, yeni hızlı tanı yöntemleri geliştirilmesi konularını içeren araştırma projeleri yürütülmektedir.
Buz yapma makinesi, mikrodalga fırın, elektroforez için güç kaynağı (2), hassas terazi (2), thermocycler (3), mikrosantrifüj (2), çalkalayıcı, jel görüntüleme cihazı, buzdolabı (3), biyogüvenlik kabini, -20◦C dondurucu (3), su banyosu, hibridizasyon inkübatörü, plak santrifüjü, ısı bloğu, manyetik karıştırıcı, vorteks, su banyosu, etüv (2)
• Prof. Dr. Alpaslan Alp
• Prof. Dr. Özgen Eser
• Prof. Dr. Zeynep Sarıbaş
• Anabilim dalı öğretim üyeleri
• Anabilim dalı araştırma görevlileri
• Doktora öğrencileri
• Yüksek lisans öğrencileri
İnsan Papilloma Virüsünün Saptanmasinda Laboratuvar Yapımı LAMP Yönteminin Etkinliginin Değerlendirilmesi. Hacettepe Üniversitesi Bilimsel Araştırma Projeleri Koordinasyon Birimi, Proje No: THD-2023-20805
Laboratuvar Yapımı bir PCR Yöntemi ile Mycobacterium tuberculosis Kompleksinin Saptanması. Hacettepe Üniversitesi Bilimsel Araştırma Projeleri Koordinasyon Birimi, Proje No: TDK-2023-20650
Mycobacterium fortuitum İzolatlarinda Biyofilm Oluşumu ve Klaritromisin Duyarlılığının Araştırılması. Hacettepe Üniversitesi Bilimsel Araştırma Projeleri Koordinasyon Birimi, Proje No: THD-2023-20584
Primer ve Sekonder İmmün Yetmezlikli Hastalardan İzole Edilen Sitomegalovirüs Suşlarinda Gansiklovir Direncinin Genotipik Yöntemlerle Araştırılması. Hacettepe Üniversitesi Bilimsel Araştırma Projeleri Koordinasyon Birimi, Proje No: THD-2022-20069
Hacettepe Sağlık Kohortu Tıp ve Diş Hekimligi Fakültelerinin COVID19 için aşılanmış ögrencilerinde genel sağlık durumu aşı etkililiği bağışıklık süresi ve advers etkilerinin takibine yönelik prospektif izlem çalışması:HUCoVaCS (Hacettee University Covid-19 Vaccinated Cohort - Students of Faculties of Health Sciences). Hacettepe Üniversitesi Bilimsel Araştırma Projeleri Koordinasyon Birimi, Proje No: TCP-2021-19467
Klinik örneklerde Pneumocystis jirovecii saptanmasında farklı yöntemlerin etkinliklerinin karşılaştırılması ve genotip ile ilaç direnci arasındaki ilişkinin araştırılması. Hacettepe Üniversitesi Bilimsel Araştırma Projeleri Koordinasyon Birimi, Proje No: TSA-2021-19496
Mycobacteroides (Mycobacterium) abscessus alt tür abscessus izolatlarının ilaç duyarlılık paterninin belirlenmesi, Destekleyen kuruluş: Hacettepe Üniversitesi Bilimsel Araştırmalar Birimi, Proje no: TYL-2019-18134
Küçük hücreli dışı akciğer kanseri nedeniyle tek akciğer ventilasyonu uygulanarak pulmoner rezeksiyon yapılan hastalarda serum plevra sıvısı ve bronkoalveolar lavaj sitokin seviyeleri ölçülerek videotorakoskopik vats ve açık cerrahide meydana gelen sistemik ve lokal inflamatuar yanıtın karşılaştırılması, Destekleyen kuruluş: Hacettepe Üniversitesi Bilimsel Araştırmalar Birimi, Proje no:TSA-2019-18221
Küçük hücreli dışı akciğer kanserinde rezeksiyon öncesi ve sonrasında serum endokan ıcam1 ve vegf düzeylerinin karşılaştırılması, Destekleyen kuruluş: Hacettepe Üniversitesi Bilimsel Araştırmalar Birimi, Proje no: TTU-2020-18824
Mycobacterium tuberculosis kompleks klinik izolatlarında izoniazid direncine neden olan dışa atım pompalarının saptanması. 2015-2016. Destekleyen kuruluş: Hacettepe Üniversitesi Bilimsel Araştırma Projeleri Koordinasyon Birimi, Proje no: THD2015-7116
Mycobacterium tuberculosis izolasyonu öncesinde uygulanan iki farklı dekontaminasyon işleminin karşılaştırılması. 2017-2018. Destekleyen kuruluş: Hacettepe Üniversitesi Bilimsel Araştırmalar Birimi, Proje no: THD-2017-12888
Erken evre küçük hücreli dişi akciğer kanseri hastalarinda serum spd1 ve spdl1 düzeylerinin klinik patolojik özellikler ve lenf nodu metastazi ile korelasyonu. 2019-2020. Destekleyen kuruluş: Hacettepe Üniversitesi Bilimsel Araştırmalar Birimi, Proje no: TTU-2019-18220
Kolon kanseri ile tükürük mikrobiyom ilişkisi. 2017-2018. Destekleyen kuruluş: Hacettepe Üniversitesi Bilimsel Araştırmalar Birimi, Proje no: THD-2017-12288.
Akut pulmoner alevlenmesi olan kistik fibrozisli hastalarda viral etkenlerin etiyolojideki rolünün belirlenmesi ve virüslerin klinik laboratuvar ve radyolojik parametreler üzerine etkilerinin araştırılması, Destekleyen kuruluş: Hacettepe Üniversitesi Bilimsel Araştırmalar Birimi, Proje no: THD-2017-15159.
COVID19 Pozitif Çocuklarda Erişkinlere Kıyasla İyi Klinik Seyir Sitokin ve Kemokin Cevaplarıyla Açıklanabilir mi? 2020-2023. Destekleyen kuruluş: Hacettepe Üniversitesi Bilimsel Araştırmalar Birimi, Proje no: THD-2020-18774.
Acil serviste menenjit ve ensefalit ön tanılı hastalarda multipleks gerçek zamanlı polimeraz zincir reaksiyonu yönteminin etkinliginin arastırılması. 2021-2023. Hacettepe Üniversitesi Bilimsel Araştırma Projeleri Koordinasyon Birimi, Proje No: THD-2021-19581
COVID 19 aşısı uygulanan kanser hastalarında aşının etkinliginin COVID 19 antikor düzeyi ölçülerek değerlendirilmesi. 2021-2023. Hacettepe Üniversitesi Bilimsel Araştırma Projeleri Koordinasyon Birimi, Proje No: THD-2021-19639
Yogun Bakimdaki Covid 19 hastalarinda Koenzim Q10 Düzeyinin Klinik Etkilerinin İncelenmesi.2021-2023. Hacettepe Üniversitesi Bilimsel Araştırma Projeleri Koordinasyon Birimi, Proje No: THD -2021-19423
Klinik Candida ve Aspergillus suşlarının antifungal duyarlılık profillerinin matriks ile desteklenmiş lazer desorpsiyon iyonizasyon uçuş zamanı kütle spektrometresi MALDITOF MS yöntemi ile değerlendirilmesi. 2021-2023. Hacettepe Üniversitesi Bilimsel Araştırma Projeleri Koordinasyon Birimi, Proje No: THD-2021-19334
COVID-19 Hastalarında İnvaziv Pulmoner Aspergillozis Sıklığı ve İlişkili Faktörler. 2021-2022. Hacettepe Üniversitesi Bilimsel Araştırma Projeleri Koordinasyon Birimi, Proje No: TOA-2021-19069
Kistik fibroziste Aspergillusun yol açtığı klinik fenotiplerin solunum fonksiyonları üzerine etkilerinin değerlendirilmesi. 2020-2023. Hacettepe Üniversitesi Bilimsel Araştırma Projeleri Koordinasyon Birimi, Proje No: THD-2020-18554
Mycobacterium tuberculosis klinik izolatlarında yeni antitüberküloz ilaçlar olan bedaquiline ve delamanidin MİK degerlerinin ve dirence neden olan mutasyonların saptanması. 2019-2022. Hacettepe Üniversitesi Bilimsel Araştırma Projeleri Koordinasyon Birimi, Proje No: TSA-2019-18169
MALDITOF MS yöntemiyle Mikobakteri türlerinin tanımlanması. 2018-2022. Hacettepe Üniversitesi Bilimsel Araştırma Projeleri Koordinasyon Birimi, Proje No: TSA-2018-17321
Bazal hücreli karsinom lezyonlarinda konvansiyonel ve moleküler yöntemlerle Malassezia türlerinin varlığının değerlendirilmesi. 2015-2020. Hacettepe Üniversitesi Bilimsel Araştırma Projeleri Koordinasyon Birimi, Proje No: THD-2015-7168
Mycobacterium tuberculosis Klinik Izolatlarinda llaç Direncinin Multipleks "Real-time PCR" Yöntemiyle Saptanması. 2012-2016. Hacettepe Üniversitesi Bilimsel Araştırma Projeleri Koordinasyon Birimi, Proje No: 012 D10 101 001-22
Alp A, Sarıbaş Z. Klinik örneklerden Mycobacterium tuberculosis saptanmasında Anyplex MTB/NTM testinin değerlendirilmesi. Mikrobiyol Bült 2019; 53(4): 355-363. DOI: 10.5578/mb.67783.
Er B, Er AG, Metan G, Halaçlı B, Ersoy EO, Hazırolan G, Alp A, Sarıbaş Z, Akdağlı SA, Topeli A, Uzun Ö. Is COVID-19 a risk factor for invasive pulmonary aspergillosis in critically ill patients? Tüberküloz ve Toraks 2021; 69:118-120. DOI: 10.5578/tt.20219918
Özdemir A, Çuha MD, Dizman GT, Alp A, Metan G, Şener B. SARS-CoV-2 Seroprevalence Among Healthcare Workers: Retrospective Analysis of the Data From A University Hospital in Turkey. Mikrobiyol Bult 2021; 55:223-232. DOI: 10.5578/mb.20219908
Alp A. Hasta başı moleküler testlerde son gelişmeler. Mikrobiyol Bul 2022; 56 (3): 580-591. doi: 10.5578/mb.20229717.
Alp A, Taşçı O, Ergin A, Köseoğlu Eser Ö. COVID-19 pandemisi öncesi ve sonrasında solunum yolu virüs paneli PCR test sonuçlarının değerlendirilmesi. Mikrobiyol Bul 2022; 56(4):667-681. doi: 10.5578/mb.20229605
Sertçelik A, Metan G, Telli Dizman G, Atılmış D, Şahan C, Kalaycı D, Alp A, Çakır B, Zarakolu P, Ünal S, Uzun Ö. Salgının ilk günlerine dönelim: Sağlık çalışanlarında COVID-19’u teşhis etme konusunda ne kadar başarılı olduk? Flora 2022; 27(4):555-561. doi: 10.5578/flora.20229604
Guven DC, Ergunay K, Brinkmann A, Alp A, Kittana FN, Akyon Y, Yilmaz E, Karakoc D, Hamaloglu E, Yalcin S, Nitsche A, Hayran M, Dizdar O. A snapshot of oral microbiota in patients with colorectal cancer. Eurasian J Med Invest 2021; 5(2):166-171. doi: 10.14744/ejmi.2021.34738
Yildiz LA, Unal B, Aydin O, Oygar PD, Gurlevic SL, Gungor E, Kaynak MO, Korgal N, Kukul MG, Ilbay S, Alp A, Ozsurekci Y, Teksam O. Respiratory tract pathogens in the COVID-19 era: Data from a pediatric emergency department. J Ped Infect Dis 2022; 17:11-17. Doi: 1055/s-0041-173621.
Goker ETA, Cagdas D, Bajin IY, Kukul MG, Aytekin ES, Orhan D, Alp A, Uzar S, Sarac F, Kara A, Kutluk MT. Multicentric Castleman disease in a DOCK8-deficient patient with Orf virus infection. Pediatr Allergy Immunol 2022; 33: e13666. DOI: 10.1111/pai.13666
Sonmezer MC, Dizman GT, Erul E, Sahin TK, Saricaoglu T, Alp A, Tanriover MD, Uzun O, Unal S, Akova M. Relative Vaccine Effectiveness of the Third Dose of CoronaVac or BNT162b2 Following a Two-Dose CoronaVac Regimen: A Prospective Observational Cohort Study from an Adult Vaccine Center in Turkey. Vaccines 2022; 10, 1140. Doi: 10.3390/vaccines10071140
Er B, Er AG, Gülmez D, Şahin TK, Halaçlı B, Durhan G, Ersoy EO, Alp A, Metan G, Saribas Z, Arikan-Akdagli S, Hazırolan G, Akıncı SB, Arıyürek M, Topeli A, Uzun Ö. A screening study for COVID-19-associated pulmonary aspergillosis in critically ill patients during the third wave of the pandemic. Mycoses. 2022;00:1–9. Doi: 10.1111/myc.13466
Aykaç K, Özsürekçi Y, Yayla BCC, Evren K, Gürlevik SL, Oygar PD, Yücel M, Karakoç AE, Alp A, Cengiz AB, Ceyhan M. Pneumococcal carriage in children with COVID-19. Human Vaccine Immunotherapy 2021; 17:1628-1634. DOI: 10.1080/21645515.2020.1849516
Özdemir N, Dizdar Ö, Yazıcı O, Aksoy S, Dede DS, Budakoğlu B, Metan G, Alp A, Budakoğlu Iİ, Öksüzoğlu ÖBÇ, Özet A, Kılıçkap S, Turhal NS, Çelik İ, Erman M, Ata N, Çelik O, Hayran M. Clinical features and outcomes of COVID-19 in patients with solid tumors: Turkish National Registry Data. Int J Cancer 2021; 148:2407-2415. DOI: 10.1002/ijc.33426
Özsürekçi Y, Aykaç K, Er AG, Halacli B, Araslı M, Oygar PD, Gürlevik S, Cura Yayla BC, Karakaya J, Alp A, Topeli A, Cengiz AB, Akova M, Ceyhan M. Predictive value of cytokine/chemokine responses for the disease severity and management in children and adult cases with COVID-19. J Med Virol 2021; 93:2828-2837. DOI: 10.1002/jmv.26683
Ademhan Tural D, Emiralioglu N, Ozsezen B, Saribas Z, Ozcan N, Alp A, Sunman B, Hizal M, Polat SE, Yalcin E, Dogru D, Ozcelik U, Kiper. The frequency and related factors of non-tuberculosis mycobacteria infections among patients with cystic fibrosis. Pediatrics International 2021; 63:1369-1375. doi: 10.1111/ped.14688
Aykac K, Yayla BCC, Ozsurekci Y, Evren K, Oygar PD, Gurlevik SL, Coşkun T, Taşçı O, Kaya FD, Fidanci İ, Taşar MA, Alp A, Cengiz AB, Karahan S, Ceyhan M. The association of viral load and disease severity in children with COVID-19. J Med Virol 2021; 93:3077-3083. DOI: 10.1002/jmv.26853
Özsürekçi Y, Aykaç K, Bal F, Bayhan C, Başaranoğlu ST, Alp A, Cengiz AB, Kara A, Ceyhan M. Outcome predictors of influenza for hospitalization and mortality in children. J Med Virol 2021; 93:6148-6154. DOI: 10.1002/jmv.26833
Balaban HY, Dağ O, Alp A, Tseveldorj N, Vahabov C, Göktaş MA, Purnak T, Hasçelik G, Demir H, Sivri B, Şimşek H. Retrospective Evaluation of Hepatitis C Awareness in Turkey Through Two Decades. Turkish J Gastroenterol 2021; 32:88-96. DOI: 10.5152/tjg.2020.19949
Aladag E, Tas Z, Ozdemir BS, Akbaba TH, Akpınar MG, Goker H, Unalan-Altintop T, Inkaya AÇ, Alp A, Metan G, Haznedaroglu IC, Balci-Peynircioglu B, Sayinalp N. Human Ace D/I Polymorphism Could Affect the Clinicobiological Course of COVID-19. J Renin-Angiotensin-Aldosterone System 2021; Article ID 5509280, 7 pages. https://doi.org/10.1155/2021/5509280
Rifat D, Campodonico VL, Tao J, Miller JA, Alp A, Yao Y, Karakousis PC. In vitro and in vivo fitness costs associated with Mycobacterium tuberculosis RpoB mutation H526D. Future Microbiol 2017, https://doi.org/10.2217/fmb-2017-0022.
Aykac K, Ozsurekci Y, Kahyaoglu P, Basaranoglu ST, Ertugrul I, Alp A, Cengiz AB, Kara A, Ceyhan M. Myocarditis associated with influenza infection in five children. J Infect Public Health 2018; 11:698-701. https://doi.org/10.1016/j.jiph.2018.05.003
Macin S, Alp A, Şener B, Sökmensüer C, Orhan D, Özen H, Kav T, Akyön Y. Comparison of culture, real- time-PCR, ELISA, and histopathological examination methods for identification of Helicobacter pylori. İstanbul Med J 2018; 19: 138-42. DOI: 10.5152/imj.2018.94834
Alp A. Advancement in molecular POCT testing: The multiplex PCR POCT devices for infectious diseases. J International Fed Clin Chem Lab Med 2018; 29:205-209.
Aykac K, Karadağ-Öncel E, Basaranoglu ST, Alp A, Cengiz AB, Ceyhan M, Kara A. Respiratory viral infections in infants with possible sepsis. J Med Virol 2019; 91:171-178. https://doi.org/10.1002/jmv.25309
Güven DC, Dizdar Ö, Alp A, Akdoğan Kittana FN, Karakoç D, Hamaloğlu E, Laçin S, Karakaş Y, Kılıçkap S, Hayran M, Yalçın Ş. Analysis of Fusobacterium nucleatum and Streptococcus gallolyticus in saliva of colorectal cancer patients. Biomark Med 2019; 13 (9): 725-735. doi: 10.2217/bmm-2019-0020.
Hızal M, Yalcin E, Alp A, Özden M, Karakaya J, Polat SE, Tuğcu G, Doğru D, Özçelik U, Kiper N.Respiratory viruses: What is their role in acute exacerbations in children with cystic fibrosis? Ped Pulmonol 2020; 55:1646-1652. DOI: 10.1002/ppul.24750
Karataş A, İnkaya AÇ, Demiroğlu H, Aksu S, Haziyev T, Çinar OE, Alp A, Uzun Ö, Sayınalp N, Göker H. Prolonged viral shedding in a lymphoma patient with COVID-19 infection receiving convalescent plasma. Transfusion Apheresis Sci 2020; 59. DOI: 10.1016/j.transci.2020.102871
Emiralioğu N, Doğru Ersöz D, Oğuz B, Sarıbaş Z, Yalçın E, Özçelik U, Özsürekçi Y, Cengiz AB, Kiper N. Pulmonary Mycobacterium abscessus infection in a patient with Triple A syndrome. Journal of Tropical Pediatrics 2016; 62:324-327 (SCI).
Hazırolan G, Sarıbaş Z, Arıkan-Akdağlı S. Klinik Candida glabrata İzolatlarında Flukonazol ve Vorikonazol Duyarlılığının Saptanmasında Mikrodilüsyon ve Disk Difüzyon Yöntemlerinin Karşılaştırılması ve Yeni CLSI Direnç Sınır Değerleri ile Duyarlılık Sonuçlarındaki Değişimin Belirlenmesi. Mikrobiyoloji Bülteni 2016, 50:428-437 (SCI-EXP).
Sarıbaş Z. Tüberkülozun Mikrobiyolojik Tanısı. Katkı Pediatri Dergisi 2018; 39 (3-4):329-334.